As trays até podem ser para acabar, mas enquanto houver software que faça uso disso, há que suportá-las decentemente.
Aliás, do ponto de vista pessoal até acho que a tray faz sentido desde que bem utilizada.
Por outro lado enquanto forem suportadas decentemente vai haver software que as vai utilizar.
Mais cedo ou mais tarde quando forem retiradas os maus da fita vão ser os devs que as retirarem, não os devs que fazem programas que as utilizem.
Outra analogia seria de um momento para o outro os browsers deixarem de suportar flash. Os maus da fita não seriam os produtores de conteudo flash.
Estranhamente depois de pesquisar a informação que tento citar, não a estou a encontrar, e já não tenho os 100% de certeza se as trays são para desaparecer ou se simplesmente para serem reformuladas sem recorrer a hacks.
De qualquer forma eu acho que uma tray tem a sua utilidade, mas só e exclusivamente em softwares que funcionem com o rato. Mas são vagamente abusadas para o que fazem, ao ponto de haverem softwares que funcionam literalmente na tray, ou softwares genéricos que envolvem utiliza-la.
Por exemplo, acho razoável que a Steam utilize a tray (pressupõe-se que um pc gammer tem rato á mão), mas não acho que um media player deva de o fazer. Neste caso em especifico acho que apenas se deveria de integrar com MPRIS visto que todos os DE's tem um widget para tal.
Todos os DE's actuais são sobre convergência, uma tray é uma barreira á convegência. Antes mal por mal que se façam aplicações á-lá skype/teamviewer que metem um popup flutuante sobre o ecrã que pode ser removido ou minimizado.
Não seria contra o teu ponto de vista à dois anos atraz, agora já fico na duvida.
Ainda assim nunca tive um ecrã tatil para ver quão chata é que uma tray é, estou só a supor pelo que li.
