Na minha opinião, acho que o refurbished será a melhor opção, até porque o preço de ambos não difere muito. Ficas com a garantia válida durante os dois anos, para qualquer outro tipo de problema que poderá acontecer.
Se optares por meter um vidro novo, perdes a garantia e se no futuro tiveres um(s) problema(s), vais ter sempre que pagar.
De qualquer das maneiras, acho que no futuro devias de ponderar comprar uma bolsa, se gostas de ter o iPhone a "nú" ou capa e video temperado.