O Álcool, em princípio, não tem qualquer problema pois não é bom condutor eléctrico. Podes perfeitamente limpar com álcool e deixar secar bem. Podes usar um secador do cabelo para o fazer, desde que o teu secador permita "soprar ar" sem o aquecer (há alguns que o permitem).
Além disso, quando dizes «penso que o álcool estragou os curto-circuitos ou os pinos metais do leitor», não faz qualquer sentido. Primeiro, porque o que a tua placa de circuito impresso tem são circuitos eléctricos (e não "curto-circuitos") e depois porque os pinos de metal não se deterioram com o álcool, quanto muito podem ter sofrido com a humidade e pó acumulados após meteres lá o álcool... mais uma vez, sopra isso bem soprado com um secador (com ar frio) ou arranja uma forma de colocares uma palhinha das bebidas no extremo do cano do teu aspirador (usa fita-cola e algum cartão para isolar tudo bem e o ar ficar todo a ser sugado de dentro da palhinha) e usa essa palhinha para aspirar os eventuais resíduos que tenhas dentro da "drive" de leitura dos cartuchos.
Aconselho também a que limpes os teus cartuchos, com uma escova dos dentes ou algo do género, embebida em um pouco (pouco, atenção!) de álcool, secando depois tudo muito bem, sempre com o cartucho na vertical, para que o álcool não "escorra" para dentro do cartucho. MUITA ATENÇÃO A ESTE ASPECTO, pois se o álcool entrar para a parte plástica do cartucho não o conseguirás secar e a humidade ficará lá acumulada e isso sim, poderá conduzir a um "curto-circuito" dentro do teu cartucho.