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Tens um Multi core 64 bits e queres ter máxima perfomance no folding?
O objectivo deste guia é explicar de uma maneira genérica o necessário para por a correr um cliente SMP numa máquina virtual, em Linux 64 bits. Espera-se portanto que o utilizador tenha conhecimentos básicos de computadores e da nomenclatura usada. Alguma dúvida especifica, poderá ser respondida no tópico.
Desta maneira será possivel aumentar bastante os ppd do folding (no meu caso passou de à volta de 1600 ppd para 4600)!
Prerequisitos:
Tri ou Quad Core CPU com X64 e Virtualização
Vmware workstation 6.5 (www.vmware.com)
ubuntu-9.04-desktop-amd64.iso ( http://www.ubuntu.com/getubuntu/download) - fazer download da versao 64 bits
Step1: Instalar o Vmware
Step2:Criar uma VM baseada em Ubuntu
A parte boa do Ubuntu, é que o Vmware faz um easy-install deste SO. Para isso, basta abrir o Vmware e criar uma nova Virtual Machine e dizer a localizacao do .iso do linux. Os settings podem ser os default, alterando so a Virtual machine memory para mais que 512 (1024 é um bom valor).
No meu caso o vmware configorou tudo correcto, sem intervencao minha.
hint: Durante a criacao da VM, irá ser preciso definir um user e password. É importante definir algo que nao se esquecam, pois vai ser sempre necessário os usar.
Ao iniciar a 1a vez a VM, o ubuntu irá perguntar se quer fazer os updates automaticos. Sao 150 megas, aconselho a o fazer.
Step3: enganar o Vmare, tirando a restricao de poder só usar 2 cores:
O problema maior do VMware, é que por default só usa 2 cores, o que limita bastante a perfomance do cliente de folding. Uma das solucoes seria instalar duas VM, cada uma a correr o seu cliente SMP.
Mas essa solucao é do passado, visto que alguem encontrou uma maneira de "enganar" o VMWARE:
retirado de (o link tem imagens, para quem necessitar):
http://en.fah-addict.net/articles/articles-1-2+vmware-optimizations.php
Fazer power off da VM, e fechar o VMWARE.
Ir à pasta onde se guarda as VM (por defeito é nos "meus documentos" -> virtual machines
Ai irá se encontrar um ficheiro .vmx, que corresponde ao nome que deram à vossa VM criada.
e.g:
\Ubuntu 64-bit \ Ubuntu 64-bit.vmx" ( "VMWare virtual machine configuration" in the file type displayed in Windows Explorer, if windows is not set to display the file extension).
Editar este ficheiro com o notepad, e alterar o seguinte parametro para 4:
"numvcpus"
(se nao existir este parametro, é possivel adiciona-lo e.g numvcpus = "4" )
confirmar que o parametro “maxvcpus" é 4 tambem.
Para quem tem um tri core, pode usar tb este processo e alterar para 3 em vez de 4 o parametro "numvcpus"
Step4: Instalar o folding na máquina linux
Retirado /traduzido de http://folding.stanford.edu/English/LinSMPGuide
Abrir um Terminal de linux - encontra-se em "Applications->Accessories->Terminal".
No Terminal vai-se ler um prompt semelhante a isto:
yourusername@yourcomputername ~ $
Executar os seguintes comandos neste terminal:
sudo apt-get install curl
mkdir -p ~/folding
cd ~/folding
curl -O http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/release/FAH6.29-Linux.tgz
tar xzf FAH6.29-Linux.tgz
Agora o cliente de FAH já está na pasta folding, e é preciso o configurar com o seguinte comando:
./fah6 -configonly
As configuracoes necessárias saem do scope deste tutorial, para quem nao souber pode ler aqui:
http://folding.stanford.edu/English/WinSMPGuideMPICH
nota: ler só a parte de "CLIENT CONFIGURATION"
Iremos agora criar um script, para facilitar o inicio do cliente com os parametros avancados já embutidos . (-smp)
Mais uma vez, usando o terminal escrever os seguintes comandos:
echo "./fah6 -smp $* &" > fah
chmod +x fah
Agora, para iniciar o cliente de folding, basta correr dentro da pasta /folding o seguinte comando:
./fah
Step 5; instalar o Fahmon.
O Fahmon pode ser instalado de 2 formas: compilado ou atráves de um binário. No site oficial só existe a versao para compilar, que por sua vez nao consegui fazer neste UBuntu.
A alternativa existente funciona bem, e é a seguinte:
Alguem compilou por nós o fahmon para Ubuntu 9.04, e basta seguir o seguinte procedimento para o ter a correr:
- No UBuntu abrir: System > Administration > Software Sources.
- Clicar na Third Party Software tab.
- Clicar no button de add
- Fazer paste de:
deb http://ppa.launchpad.net/tsunetomo/ppa/ubuntu jaunty main
Quando pedido, fazer o reload de "software sources information". Nao te preocupes se vires um aviso de "unverified software", iremos corrigir isso de seguida.
Num terminal, executar o seguinte comando :
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys DDC93004
No meu caso, observei que os servidores do ubuntu estavam bastante lentos.. Deu varias vezes communication time out. O que fiz foi repetir o comando acima mencionado, até funcionar.
Isto faz que as aplicacoes deste developer sejam consideras seguras para o Ubuntu. Nao se preocupem, este procedimento nao tem nada de mal (ver aqui: https://launchpad.net/~tsunetomo/+archive/ppa)
Agora instalar o Fahmon é super simples!!
Num terminal escrever os seguintes comandos:
sudo apt-get update
sudo apt-get install fahmon
Podem depois encontrar a aplicacao fahmon num dos menus do Ubuntu:
Applications ->system tools ->Fahmon
E pronto, por agora este guia está concluido.. Com as duvidas / problemas que surgirem, será actualizado. Peco desculpa pela forma / template, mas a minha ideia inicial era mesmo fazer um guia rápido, em que o conteudo era mais importante que a forma.
Espero que gostem / usem, e deste modo aumentem bastante a producao diária da nossa equipa.
edit1: falta uma parte neste tutorial, que é ajustar as prioridades do uso do cpu e GPU, para impedizer que haja uma perca de performance significativa do cliente GPU. Assim que puder acrescento aqui. até lá, ler as instrucoes em ingles, que se podem encontrar aqui:
edit2:
Para parar a aplicacao folding, que está a correr em linux, podemos fazer o seguinte:
Primeiro, precisamos de saber qual o pid (process identifier) da aplicacao folding, usando num Terminal o comando: ps -a
O resultado será algo do genero,
ps -a
PID TTY TIME CMD
1944 pts/0 00:00:00 fah6
Anotando a PID 1944, basta executar o seguinte comando:
kill 1944
E pronto, iremos observar no ecra a informacao que o folding recebeu a instrucao para fechar.
edit: removido a configuracao com VERBOSITY 9, visto que pode causar problemas nas WU.
edit: Actualizado com nova versao do folding 6.29 para Linux smp
O objectivo deste guia é explicar de uma maneira genérica o necessário para por a correr um cliente SMP numa máquina virtual, em Linux 64 bits. Espera-se portanto que o utilizador tenha conhecimentos básicos de computadores e da nomenclatura usada. Alguma dúvida especifica, poderá ser respondida no tópico.
Desta maneira será possivel aumentar bastante os ppd do folding (no meu caso passou de à volta de 1600 ppd para 4600)!
Prerequisitos:
Tri ou Quad Core CPU com X64 e Virtualização
Vmware workstation 6.5 (www.vmware.com)
ubuntu-9.04-desktop-amd64.iso ( http://www.ubuntu.com/getubuntu/download) - fazer download da versao 64 bits
Step1: Instalar o Vmware
Step2:Criar uma VM baseada em Ubuntu
A parte boa do Ubuntu, é que o Vmware faz um easy-install deste SO. Para isso, basta abrir o Vmware e criar uma nova Virtual Machine e dizer a localizacao do .iso do linux. Os settings podem ser os default, alterando so a Virtual machine memory para mais que 512 (1024 é um bom valor).
No meu caso o vmware configorou tudo correcto, sem intervencao minha.
hint: Durante a criacao da VM, irá ser preciso definir um user e password. É importante definir algo que nao se esquecam, pois vai ser sempre necessário os usar.
Ao iniciar a 1a vez a VM, o ubuntu irá perguntar se quer fazer os updates automaticos. Sao 150 megas, aconselho a o fazer.
Step3: enganar o Vmare, tirando a restricao de poder só usar 2 cores:
O problema maior do VMware, é que por default só usa 2 cores, o que limita bastante a perfomance do cliente de folding. Uma das solucoes seria instalar duas VM, cada uma a correr o seu cliente SMP.
Mas essa solucao é do passado, visto que alguem encontrou uma maneira de "enganar" o VMWARE:
retirado de (o link tem imagens, para quem necessitar):
http://en.fah-addict.net/articles/articles-1-2+vmware-optimizations.php
Fazer power off da VM, e fechar o VMWARE.
Ir à pasta onde se guarda as VM (por defeito é nos "meus documentos" -> virtual machines
Ai irá se encontrar um ficheiro .vmx, que corresponde ao nome que deram à vossa VM criada.
e.g:
\Ubuntu 64-bit \ Ubuntu 64-bit.vmx" ( "VMWare virtual machine configuration" in the file type displayed in Windows Explorer, if windows is not set to display the file extension).
Editar este ficheiro com o notepad, e alterar o seguinte parametro para 4:
"numvcpus"
(se nao existir este parametro, é possivel adiciona-lo e.g numvcpus = "4" )
confirmar que o parametro “maxvcpus" é 4 tambem.
Para quem tem um tri core, pode usar tb este processo e alterar para 3 em vez de 4 o parametro "numvcpus"
Step4: Instalar o folding na máquina linux
Retirado /traduzido de http://folding.stanford.edu/English/LinSMPGuide
Abrir um Terminal de linux - encontra-se em "Applications->Accessories->Terminal".
No Terminal vai-se ler um prompt semelhante a isto:
yourusername@yourcomputername ~ $
Executar os seguintes comandos neste terminal:
sudo apt-get install curl
mkdir -p ~/folding
cd ~/folding
curl -O http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/release/FAH6.29-Linux.tgz
tar xzf FAH6.29-Linux.tgz
Agora o cliente de FAH já está na pasta folding, e é preciso o configurar com o seguinte comando:
./fah6 -configonly
As configuracoes necessárias saem do scope deste tutorial, para quem nao souber pode ler aqui:
http://folding.stanford.edu/English/WinSMPGuideMPICH
nota: ler só a parte de "CLIENT CONFIGURATION"
Iremos agora criar um script, para facilitar o inicio do cliente com os parametros avancados já embutidos . (-smp)
Mais uma vez, usando o terminal escrever os seguintes comandos:
echo "./fah6 -smp $* &" > fah
chmod +x fah
Agora, para iniciar o cliente de folding, basta correr dentro da pasta /folding o seguinte comando:
./fah
Step 5; instalar o Fahmon.
O Fahmon pode ser instalado de 2 formas: compilado ou atráves de um binário. No site oficial só existe a versao para compilar, que por sua vez nao consegui fazer neste UBuntu.
A alternativa existente funciona bem, e é a seguinte:
Alguem compilou por nós o fahmon para Ubuntu 9.04, e basta seguir o seguinte procedimento para o ter a correr:
- No UBuntu abrir: System > Administration > Software Sources.
- Clicar na Third Party Software tab.
- Clicar no button de add
- Fazer paste de:
deb http://ppa.launchpad.net/tsunetomo/ppa/ubuntu jaunty main
Quando pedido, fazer o reload de "software sources information". Nao te preocupes se vires um aviso de "unverified software", iremos corrigir isso de seguida.
Num terminal, executar o seguinte comando :
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys DDC93004
No meu caso, observei que os servidores do ubuntu estavam bastante lentos.. Deu varias vezes communication time out. O que fiz foi repetir o comando acima mencionado, até funcionar.
Isto faz que as aplicacoes deste developer sejam consideras seguras para o Ubuntu. Nao se preocupem, este procedimento nao tem nada de mal (ver aqui: https://launchpad.net/~tsunetomo/+archive/ppa)
Agora instalar o Fahmon é super simples!!
Num terminal escrever os seguintes comandos:
sudo apt-get update
sudo apt-get install fahmon
Podem depois encontrar a aplicacao fahmon num dos menus do Ubuntu:
Applications ->system tools ->Fahmon
E pronto, por agora este guia está concluido.. Com as duvidas / problemas que surgirem, será actualizado. Peco desculpa pela forma / template, mas a minha ideia inicial era mesmo fazer um guia rápido, em que o conteudo era mais importante que a forma.
Espero que gostem / usem, e deste modo aumentem bastante a producao diária da nossa equipa.
edit1: falta uma parte neste tutorial, que é ajustar as prioridades do uso do cpu e GPU, para impedizer que haja uma perca de performance significativa do cliente GPU. Assim que puder acrescento aqui. até lá, ler as instrucoes em ingles, que se podem encontrar aqui:
edit2:
Para parar a aplicacao folding, que está a correr em linux, podemos fazer o seguinte:
Primeiro, precisamos de saber qual o pid (process identifier) da aplicacao folding, usando num Terminal o comando: ps -a
O resultado será algo do genero,
ps -a
PID TTY TIME CMD
1944 pts/0 00:00:00 fah6
Anotando a PID 1944, basta executar o seguinte comando:
kill 1944
E pronto, iremos observar no ecra a informacao que o folding recebeu a instrucao para fechar.
edit: removido a configuracao com VERBOSITY 9, visto que pode causar problemas nas WU.
edit: Actualizado com nova versao do folding 6.29 para Linux smp
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