Não é o javascript que não te deixa abrir as páginas que tenham java, serão antes protecções que bloqueiam a execução do javascript que te estão a fazer isso, contudo não referes que browser usas, que firewall tens nem que antivírus tens e isso convinha saber para te poder ajudar.
com o Firefox ja deixa, estava a tenar usar o IE para abrir porque sempre me abriu as coisas mas tb mudei de antivirus antes era o Norton agora é o AVG