O mais simples e mais cru para resolveres esse problema é utilizares esse disco em offline ou seja sem carregar o sO.
Podes usar ferramentas como o Hirens BootCD ou UBCD4Win para o efeito, ou então metes o disco noutro pc como disco secundário.
Depois, bem depois é perceberes que virus é e onde se encontra, e isso é o mais trabalhoso.
A grande maioria dos virus de hoje em dia alojam-se na pasta do utilizador ( para que assim possam atacar mais computadores, principalmente aqueles em que o utilizador não é administrador )
Pelo que primeiro que tudo é meteres visivel os ficheiros escondidos e os ficheiros de sistema.
Em seguida vê se existem ficheiros estranhos na raiz ( apaga ou move todos os que achares estranhos, por segurança é melhor moveres para uma pasta e claro que depois saibas onde estavam para os voltares a repor se necessário)
Vê a pasta de utilizador, geralmente estão na raiz dessa pasta ou então em subpastas do AppData, move tudo o que for estranho e seja ficheiro temporário .
Depois podes ver no ProgramData ( raiz do C ) tb se escondem lá alguns.
Não te vou dizer para fazeres no system ou system32 porque isso é brincar com o fogo caso não conheças bem a estrutura.
Em seguida é veres na pasta utilizador:
C:\Users\utilizador\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
e na pasta de arranque de todos:
C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
Em seguida tens de ir ao registo, com um editor de registo fazes load hive e vais buscar o ficheiro de registo SOFTWARE que se encontra em:
C:\Windows\System32\config
Depois nessa hive navegas para:
MICROSOFT\WINDOWS\CURRENTVERSION\RUN e para a RunOnce
Faz o mesmo para a pasta:
MICROSOFT\WindowsNT\CurrentVersion\Run
E vê por entradas de ficheiros estranhos para arranque, apagas a entrada e moves o ficheiro do sitio.
Estes são os passos básicos, para além disto é um pouco perigoso mexer sem ter um conhecimento mais profundo de como funciona o SO
Se não conseguires apagar o ficheiro tens de fazer um takeown e depois atribuir acessos de full control ao mesmo ( ficheiro ou pasta ).
conta-nos depois como correu
EDIT: Estes passos são suficientes para a grande maioria dos virus, se o virus se carregar no explorer.exe, ou outro componente do windows é um pouco mais complexo, mas primeiro vê-se como correm estes passos