Penso que seria melhor criarem pequenos sistemas e baratos. Por exemplo, um servidor NAS que também faça folding, ou até mesmo routing. Temos o exemplo de raspberry pi, ou até começarem a criar novos chips que tenha um núcleo dedicado a este processamento.
Hoje em dia temos acesso a tablets com 4 core por 100 eur, a qualidade pode não ser como se espera, mas acho que é possível criar sistemas baratos e de multiuso.
Como disse e volta a frisar, especialmente se criarem chips com um núcleo dedicado, lembrem-se do boost que foi quando começaram a usar os GPU em comparação com o CPU.
Outro ponto importante é o consumo eléctrico, sistemas que consumam 10 a 15 watts, é algo pouco significante.