Esse seu código de stock é no mínimo estranho.
Primeiro, se quiser fazer uma gestão de stock, deverá ter uma tabela armazém, onde insira a referência às compras que faça e a referência às vendas que faz.
Por exemplo, a tabela armazém deve dispor de um campo, onde identifica o produto pelo código de barras, um outro campo onde identifica se a operação é um compra ou uma venda, um outro campo eventualmente com a data, isto numa versão simplificada.
Depois, e só fazer uma ou duas consultas, em que faz a contagem das compras e a contagem das vendas, e depois é só subtrair um resultado ao outro e tem o stock daquele produto naquele momento.
Pode fazer isso pelo php ou pelo sql, mas se desejar o stock de todas as referências, pode utilizar a função do sql, Group By,
http://www.w3schools.com/sql/sql_groupby.asp , ao qual pode pode associar a função Count.
Em segundo, no seu código não está a fazer nenhuma contagem, está a verificar se determinado código de barras existe nas tabelas da base de dados, não está a contar quantas vezes ocorre, para isso teria de usar a função mysqli_num_rows(),
http://php.net/manual/en/mysqli-result.num-rows.php.
Em terceiro, sempre que faz junções de tabelas, utilize os operadores do sql, Join,
http://www.w3schools.com/sql/sql_join_inner.as