Cada placa gráfica usa uma % do processador quando estamos a foldar. No meu caso cada GTX 980 usa cerca de 20% do processador em full load. Se ligares o folding no CPU, a carga do CPU salta para 100% (full load) e os dois processos são prejudicados: o folding com o CPU quer usar 100% mas não pode, a placa gráfica quer usar 20% mas também não pode porque o processador está ocupado com outra coisa.
Se não usares o CPU, a placa gráfica vai produzir mais porque tem os recursos que precisa sempre disponíveis. As coisas seriam diferentes se os CPU produzissem muitos pontos, mas neste momento produzir com o CPU quando temos uma GPU é um desperdício de dinheiro e hardware... as vezes nem se nota a diferença.
No meu caso com CPU + 2 GPU no máximo posso fazer uns 500k pontos por dia. Só com as duas 980 consigo 700-800k, gasto menos electricidade, menos calor, a equipa ganha mais e é melhor para o projecto.
Em qualquer caso, convém fazer testes para ver qual é o melhor "setup" no vosso caso. Comparem quantos pontos produzem só com o CPU, CPU + GPU e apenas com o GPU. Depois é foldar com o que dá melhores resultados.