Em 1º lugar, queres guardar dados desse disco de 40Gb? Se sim, guarda-os pra um disco externo, é o mais simples.
Depois, metes o CD do windows, e fazes uma instalação nova do windows, nesse processo aproveitas e formatas as partições do disco de 40GB, ao fazer isso, o disco volta ao seu estado inicial.
Depois de formatado, o windows pergunta onde queres instalar, escolhes esse disco de 40GB e Voilá, ta instalado o windows.
Quando comprares o disco de 160GB é so juntar ao PC.