De certeza que um desses ficheiros está a fazer um unset do $_GET.
Coloca o $id antes de os chamares (logo após o session_start), e depois, no local onde normalmente farias o $id=..., faz um echo "Id: $id";
edit - @ MPalhas, ainda que esteja a haver algum problema no próprio formulário, o OP disse que o id aparece mesmo na barra de endereço. Isso implica que a parte do GET tenha de estar certa, não é?