Aos poucos irei actualizando este tópico tendo em conta o que ja se encontra traduzido/vai ser traduzido, desta forma é mais fácil ter uma ideia do andamento do projecto.
Os meus agradecimentos ao
Syk3r e ao
Psycop pois grande parte foi traduzida por elee(tópicos gerais) o resto fui acrescentando e corrigindo.
Detalhes do projecto, algumas noções
O que é o Folding@home? O que é o enrolamento de proteínas?
Folding@Home é um projecto de computação distribuída, que simplificando, estuda o enrolamento, enrolamento incorrecto/indevido de proteínas. O enrolamento de proteínas é explicado em mais detalhe/com mais detalhe na
secção/área científica.
O que é a Computação Distribuída?
A
computação distribuída é um método de processamento em que diferentes partes de um programa ou de diferentes porções de dados, são processados por dois ou mais computadores
em comunicação entre eles por rede ou através da Internet.
Quem detém/é dono dos resultados? O que lhes acontece?
Ao contrário de outros projectos de computação distribuída, o Folding@home é dirigido por uma instituição académica (especificamente, o
Pande Group do
departamento de química da
Universidade de Stanford), que é uma organização sem lucros dedicada à pesquisa científica e à educação. Não iremos vender os dados ou fazer dinheiro com eles.
Iremos ainda cada vez mais divulgar os dados para outros usarem. Em particular, os resultados do Folding@home vão ser disponibilizados a vários níveis. Mais importante, as analises das simulações irão ser enviadas para revistas cientificas para publicação e esses artigos irão posteriormente ser publicados no site. Depois da publicação, os dados brutos estarão disponíveis para todos, incluindo outros pesquisadores, aqui neste site.
Como posso ver quantas outras pessoas estão a participar?
Nós temos vários tipos de estatísticas de utilizadores e trabalho concluído na secção de
Estatísticas. Pode ver as suas estatísticas individuais, da sua equipa e uma estatística geral. Veja também as secções de
Resultados e
Prémios.
Porque não divulgam o código fonte?
A maior parte das partes do FAH são publicas, como é o caso o código fonte de Tinker e Gromacs- Ao contrário de muitos projectos, a maior preocupação não é a funcionalidade mas a integridade do projecto e divulgar o código fonte de maneira, de certa forma, permitira que as pessoas pudessem reverter o processo e forjar resultados que tornariam todo o projecto inútil.
Contudo, frisamos que uma vasta maioria de código é já open source. Temos um
FAQ sobre Open Source com mais detalhes.
O que completou o projecto até agora?
Tem-nos sido possível enrolar várias proteínas no intervalo de 5-10 micro-segundos com validação experimental. Isto é fundamental acerca de trabalho prévio. Jornais científicos com os nossos resultados podem ser encontrados da secção Resultados. Estamos agora a encaminhar-nos para outra proteínas importantes e usadas no estudo de enrolamento de biologia estrutural, assim como proteínas relacionadas com doenças. Há muitos artigos em jornais de topo (Science, Nature, Nature Structural Biology, PNAS, JMB, etc) com resultados do FAH. Actualmente, o FAH já publicou mais resultados do que todos os outros grandes projectos de computação distribuída juntos!
Porque não usar apenas um super-computador?
Os super-computadores modernos são essencialmente clusters de centenas de processadores conectados por redes rápidas. A velocidade desses processadores é comparável (ou menor por vezes) às encontradas nos computadores pessoais (PC). Assim, se um algoritmo (como o nosso) não necessita de velocidade de rede, ira executar tão rápido num super-cluster como num super-computador. No entanto, a nossa aplicação não necessita das centenas de processadores existentes nos super-computadores actuais, mas de centenas de milhares de processadores. Logo, os cálculos executados pelo Folding@home não seriam possíveis por outros meios! Ainda, mesmo que nos dessem acesso exclusivo a todos os super-computadores do mundo, ainda teríamos menos ciclos de computação do que os efectuados com o cluster Folding@home. Isto é possível visto que os processadores do PC actuais são muito rápidos e existem centenas de milhares de PC em ‘espera’ pelo Mundo!
Posso usar o Folding@home numa máquina que não me pertence?
Por favor corre o cliente do Folding@home apenas em máquinas que possuas/tens ou que o administrador/dono te dê permissão para correr o nosso software. Qualquer outro uso do cliente Folding@Home viola/quebra as nossas regras/licença de utilização.
Quais são os requisitos mínimos?
Todos os computadores podem contribuir para o Folding@Home. Contudo, se o computador for lento (exemplo: computadores com 3 ou 4 anos) pode não ser rápido o suficiente para acabar a WU/Unidade de trabalho a tempo.
[FONT="] Problemas de rede/configuração da rede
[/FONT]
O meu cliente (Folding@Home) foi assignado ao endereço IP 0.0.0.0. Existe algum problema?
Frequentemente/de tempo em tempo, podemos não ter nenhum trabalho necessário para determinada plataforma.
Quando isto acontece não vos iremos fornecer trabalho em duplicado que não e realmente necessário.
Preferimos desta forma ter clientes em espera/idle, ou a procurar por outros trabalhos necessários/novos trabalhos do que ficarem ocupados com trabalhos/funções que não são necessárias serem completas. Apesar do teu computador poder ocasionalmente ficar algum tempo em espera/idle, nós ainda valorizamos o teu donativo.
Se verificares que a situação persiste por um período bastante longo, verifica ou pede ajuda junto do Fórum porque isso não é muito normal.
Tenho um modem; posso usar o Folding@Home?
Sim. Ele pode ser configurado para fazer marcação automática ao ligar, ou aguardar até conectar/ter conexão.
Pode existir/haver alguns problemas/incompatibilidade entre alguns modems e a versão do protector de ecrã/sreensaver. Se verificares algum problema ou incompatibilidade usa a versão da consola do Folding@Home.
Estou por detrás de uma Firewall. Posso usar o Folding@Home?
Sim. Por favor verifica as configurações da firewall ou servidor Proxy no painel de configuração.
Podes chegar ao painel de configuração carregando com o botão direito no modo de visualização gráfica ou clicando no ícone que se encontra na barra de tarefas.
Erros
O programa instalador/programa de instalação do Folding@home não faz nada.
Se está a tentar instalar o cliente gráfico do Windows ou Screensaver/Protector de ecrã, e vê “Setup is starting..” a aparecer numa janela pop-up, mas não acontece mais nada(nem sequer uma mensagem de erro),o problema deve-se ao facto da presença de mais de um ficheiro com o nome/denominado “setup.exe.” na pasta onde está o setup do FAH. Lembra-te que podes ter vários directórios temp/temporários, dependendo do sistema operativo. Renomeia/altera o nome, move, ou os ficheiros “setup.exe” a mais e não deves ter mais problemas
O Folding@home parece estranho (Windows) ou tem segfaults (Linux).
Folding@Home necessita do mínimo de 64Mb de memória. Algumas coisas estranhas podem ocorrer no Windows quando corre o cliente com menos memória, ou segfaults se estiver a correr o Linux com pouca memória.
O meu protector de ecrã/screen saver parece-se com um ecrã preto com pontos a voar.
Pensamos que conseguimos diagnosticar este problema. Parece que é causado por um monitor ou placa gráfica que não suporte 8bits de cor. Adicionalmente, encontrámos alguns problemas com drivers gráficas mais antigas. Se tiveres a ter algum problema, por favor certifica-te que tens as drivers mais recentes para a placa gráfica e drivers para OpenGL.
Tenho um erro do tipo "Network Recv Timeout" na consola (ou em scrlog.txt).
Se te aparece algo como…..
Deleting files IP = 171.64.122.81 Network Recv Timeout GetWork Failed
…então não te preocupes. Significa que o programa está com problemas a conectar ao servidor, e está a tentar ligar-se novamente. Temos alguns problemas com o servidor ocasionalmente, e os utilizadores podem ter o mesmo problema. Se o problema persistir por mais de um dia, experimentar reiniciar o programa, ou mesmo reinstala-lo. Para a versão de consola basta carregar no CTRL + C para sair graciosamente, e recomeçar de novo.(Nota: esta função foi recentemente adicionada, e pode não resultar na versão que tem/possui, e pode ter que a desligar recorrendo ao gestor de dispositivos).
Jogos em OpenGL não funcionam ou são minimizados quando estou a correr o cliente gráfico do Folding@home.
Jogos em OpenGL não funciona ou são minimizados quando estão a correr o cliente gráfico do FAH. Este é um problema/anomalia que pode ocorrer quando se corre o cliente gráfico do FAH e outro programa que utiliza o OpenGL, que na sua maioria são jogos. Esta anomalia/problema não está relacionada directamente com o cliente gráfico do FAH, mas sim, com o OpenGL que é utilizado no cliente gráfico do FAH, que não permite ser corrido mais do que uma aplicação simultaneamente/ao mesmo tempo.
Para resolver esta anomalia/problema tem que desinstalar a versão gráfica do FAH e utilizar apenas a versão da consola. Agradecimentos/Obrigado ao [Spectre] e ellroy80 por contribuírem para esta entrada na FAQ
Folding@home e Genome@home
O que é o Genome@home e como se relaciona com o Folding@home?
Genome@home foi outro projecto de computação distribuída do Laboratório do Grupo Pande/Pande Group lab. Em 15 de Abril de 2004 o projecto foi concluído, pode encontrar mais detalhes em
http://genomeathome.stanford.edu
O objectivo do Genome@home é o design/desenho das proteínas e as suas aplicações. Uma das principais aplicações para a utilização do nosso estudo de design/desenho de proteínas é a criação de grandes bibliotecas referentes a sequências de proteínas, de certo modo “re-desenhar” ou
“reverse-engeneering” um Genome/Genoma existente (dai o nome Genome@home).
Outra aplicação para o desenho/design das proteínas é para entender o porquê das proteínas enrolarem e porque é que elas são incorrectamente enroladas e desagregam-se. Esta é uma questão fundamental/central do Folding@home e directamente relacionada com o nosso estudo do enrolamento das proteínas e do incorrecto enrolamento das mesmas, pois está relacionada com algumas doenças como Alzheimer’s, ALS, entre outras.
O que faz agora a selecção do Genome@home?
Nós desenvolvemos algumas unidades de trabalho/WUs que não levam a nenhum novo trabalho/desenvolvimento, dai não precisarem de tempo limite/deadlines. Estas unidades de trabalho/Wus sem tempo limite estão alojadas no servidor pelo que pode seleccionar uma bastando para isso seleccionar a opção gah no cliente. Estas unidades de trabalho/WUs são melhores para maquinas mais lentas ou maquinas sem acesso á Internet/que não estão ligadas á Internet. O cliente é capaz de as ir buscar também. Para clientes versão 5.00 e mais recentes, o tempo limite inexistente destas unidades de trabalho/WUs está listado/mostrado explicitamente.
Notas:
*Recentemente, estas unidades de trabalho/WUs sem limite de tempo têm estado indisponíveis devido ao campo de ciência que estamos correntemente a estudar (que não é compatível com elas), mas contudo estas unidades de trabalho/WUs poderão regressar.
*Quando configura uma maquina mais lenta para estas unidades de trabalho/WUs sem limite de tempo, a partir dai será sempre assignado a essa maquina unidades de trabalho/WUs sem limite de tempo (e nada mais) desta forma a maquina poderá ficar em espera/idle por meses e meses seguidos/a fio.
*Para sistemas que conseguem completar os prazos pré-estabelecidos, por favor reconfigure o cliente para aceitar WUs normais.
Execução/Running
Acabei uma WU e agora recebi outra para a mesma proteína. Está alguma coisa errada/Existe algum Problema?
Não, está tudo bem. Nós estamos a estudar a dinâmica de varias proteínas, dai poder receber varias WUs/Unidades de trabalhos da mesma proteína (com o mesmo numero de projecto) varias vezes. Cada WU/Unidade de trabalho dá-nos informação adicional sobre a dinâmica dessa proteína em especifico, e dessa forma bastante importante para nos. De facto, se só fizéssemos uma WU/Unidade de trabalho por proteína, não iríamos aprender muito. Um número de projecto, Clone e número de geração distinguem cada WU/Unidade de trabalho.
O Folding@home corre em máquinas com duplo processador ou multi-core/multi -núcleo?
Sim consegue, se correr um dos nossos clientes SMP de alta performance, para linux-64 OSX/Intel ou Windows. Veja a pagina de download de clientes.
Para outras plataformas, e para processadores adicionais deve ser corrida um cliente do tipo consola por processador (com o “-local” argumento de linha de comandos se estiver a usar o Windows). Primeiro crie directórios/pastas diferentes para cada processador e copie a consola do FAH e respectivos executáveis para cada pasta/directório. De seguida configure as mesmas usando o comando –config, preenchendo as opções para cada uma. É bastante importante certificar-se que debaixo das opções avançadas cada copia tem uma identificação de máquina diferente (de 1 até 8, ate um máximo de 16 clientes). A primeira copia automaticamente será reconhecida com o número de identificação 1, assim/deste modo, copias adicionais devem ser renomeadas para 2,3,4,entre outras. A partir dai basta correr/lançar cada uma a partir do seu directório ou usando o comando – local existente no Windows. Recomendamos que não corra mais do que uma versão do cliente FAH por processador.
Deverei fazer alguma coisa especial para correr o programa num cluster?
O principal aspecto/O mais importante a considerar é garantir que cada CPUID é único por máquina. Para ajudar a evitar ter ID’s duplicados, as versões para Windows (v3 ou posterior) mantêm o seu ID no registro, e a versão para linux (v3.11 e posterior) mantem o ID numa pasta especial mais precisamente em MachineDependent.dat.
Formas de evitar ID’s duplicados:
- Se instalar cada cliente individualmente, então será impossível ter um ID duplicado.
- Para versões recentes do Windows e máquinas com um só processador, não existe qualquer tipo de problema (para Dual-Core ver ponto acima).
- Para um Cluster com Linux, certifique-se que copia o directório mas NÃO COPIA o ficheiro MachineDependent.dat. O ficheiro irá ser criado automaticamente assim que correr o cliente pela primeira vez na nova pasta.
Porque é que devo fazer o update do meu software Folding@Home para a versão mais recente?
Estamos continuamente/sempre a melhorar o software Folding@home, e a adicionar novas funcionalidades. Lançamos também novas versões para corrigir bugs/erros reportados pelos utilizadores que ajudam desta forma o projecto a correr com o menor número de anomalias possível.
Como é que os resultados são devolvidos?
O teu computador faz o upload automático dos resultados para o nosso servidor assim que termina uma WU/Unidade de trabalho e faz o download de uma nova Wu/Unidade de trabalho logo de seguida.
Posso fazer o download de mais de uma unidade de cada vez?
O algoritmo que usamos funciona melhor se descarregar uma WU/Unidade de trabalho de cada vez, e verifica o estado após cada WU/Unidade de trabalho é completa. Desta forma/Por isso nenhuma opção para fazer o download de varias WUs/Unidades de trabalhos está disponível.
Se tiver múltiplos processadores no computador, é possível ter cada um a trabalhar numa WU/Unidade de trabalho diferente. Não tente correr duas copias em diferentes maquinas que utilizam o mesmo directório e o mesmo sistema de ficheiros. Cada cliente precisa de trabalhar numa pasta/num directório diferente.
Quanto tempo demora a concluir uma Unidade de Trabalho/WU? Como é que consigo medir/Como é que meço uma WU/Unidade de trabalho?
Isto varia, como será obvio, da velocidade do computador e o tamanho da proteína a ser estudada. Dependendo da proteína e das propriedades a serem estudadas, WUs/Unidades de trabalho de diferentes tamanhos poderão ser usadas.
A página de sumario do projecto tem informação do tamanho particular de cada proteína e a deadline/prazo limite para conclusão.
Consigo correr a versão gráfica e de consola ao mesmo tempo? O que acontece se correr duas versões diferentes da consola/duas consolas ao mesmo tempo?
Sim, mas SÓ se tiver múltiplos processadores/nucleos, e instalar cada uma delas em directórios/pastas diferentes. Adicionalmente, NÃO copie apenas os ficheiros de uma pasta para outra. Isto irá fazer com que exista problemas entre os clientes.
- Não irá depois receber credito pelo trabalho que fez
- O resultado não irá ser usado.
Em vez disso, instale cada cliente em directórios diferentes. Se já tiver copiado o programa para múltiplos/vários directórios/pastas e está a tentar corre-los, procure o ficheiro client.cfg e apague-o. A próxima vez que o cliente começar vai criar um novo ficheiro e atribuir um novo ID á maquina.
Como é que sei que os meus resultados foram realmente devolvidos e se encontram a ser usados? Como consigo saber ao certo o que já fiz/o trabalho que já realizei?
Para descobrires/Para teres conhecimento dos resultados enviados, podes verificar a pagina de estatística, por estatística individual, estatísticas da tua equipa, e estatísticas gerais do Projecto. Se o teu computador está a enviar informação/dados, deves poder ver o teu username juntamente com o numero de WUs/Unidades de trabalho completas/concluídas. Se o teu nome não aparecer nas estatísticas e o programa está a funcionar bem no teu computador (sem erros), significa que ou ainda não terminou uma WU/Unidade de trabalho (pode demorar alguns dias, ou mesmo mais num computador antigo), a lista ainda não foi actualizada ainda. Volta a verificar daqui a um dia ou dois, e deve lá estar contabilizado….desde que te lembres qual o username/nome de utilizador que colocas-te.
Porque é que alterar/ajustara prioridade através do gestor de processos não afecta a performance?
O trabalho é feito pelo fahcore, nao o processo do cliente, desta forma alterar a prioridade do processo nao aumenta a performance. A prioridade para o fahcore está colocada como “Idle”/em espera por defeito(mas aparece como normal no gestor de aplicativos). O cliente está já programa para utilizar todos os ciclos que não estão a ser utilizados de momento, dai alterar a prioridade no Windows não é necessário/é desnecessário. Se o cliente FAH está a competir com outro processo que esteja a correr em “idle”/em espera, como por exemplo um Antivírus, existe uma opção já configurada para alterar automaticamente a prioridade para low/baixa.
Como é que ajusto manualmente/altero manualmente a prioridade do core/núcleo do Folding@Home?
Corre o cliente (versão consola) com a opção –config para alterar as definições
Consigo correr o Folding@Home quando o SETI@home está a correr/funcionar?
Sim, SETI@home e outras aplicações de computação distribuída conseguem correr ao mesmo tempo que o Folding@home, desde que tenhas memoria RAM suficiente. Alguns programas, incluindo o SETI@home correm com uma prioridade definida maior do que o Folding@home, o que impede o FAH de progredir/trabalhar, se é corrido/utilizado ao mesmo tempo. Se verificares/notares que o cliente FAH não está a avançar/progredir, podes resolver isto alterando a opção “Prioridade Ligeiramente Superior” no cliente FAH. Esta alteração pode ser feita através da opção avançada, no cliente gráfico, ou correndo a versão consola com a opção –switch activada.
Nota: As WUs/unidades de trabalho do FAH têm tempo limite, enquanto que outros projectos normalmente não têm. Por isso/Por conseguinte recomendamos que definas logo uma maior prioridade ao FAH, ou dedicar um só núcleo/processador ao cliente, permitindo que outros projectos utilizem os restantes recursos do computador.
Existem alguns limites para o tempo que a minha maquina demora a concluir uma WU/Unidade de trabalho?
Sim. Dependendo da WU/Unidade de trabalho, trabalhos inacabados para a maioria dos projectos, expiram e são reasignados a novas máquinas. Uma vez que terminar uma Wu gera o download de uma nova WU e por conseguinte um novo calculo, nos mantemos o andamento do projecto criando tempo limite. Á medida que começamos a processar maiores e mais demooradas WUs/Unidades de trabalho iremos aumentar este tempo limite consoante o necessário. O tempo Limite varia entre alguns dias, a algumas semanas, dependendo da natureza da WU. Irás depois receber créditos por todas as unidades que terminares antes do prazo pré estabelecido. Depois da data limite de processamento, o cliente apaga todos os dados referentes á WU/Unidade de trabalho e faz o download de uma nova de forma a recomeçar o trabalho. Nenhum credito é oferecido depois do prazo final.
Consigo correr a versão Linux no FreeBSD?
Sim. Por favor segue os seguintes passos:
Instala emulators/Linux_base a partir do CD FreeBSD.
Edita /compat/Linux/etc/yp.conf e coloca o servidor correcto nesse ficheiro.
Faz o download da colsola para Linux (FAHxConsole, onde x é a versão) e adiciona ao directorio.
% brandelf -t Linux FAHxConsole
A partir da versão 3.24, tudo o que tens que fazer a partir daqui é especificar
"-freeBSD" flag ao corer o cliente
% ./FAHxConsole –freeBSDe ira automaticamente marcar os nucleos cientificos que são descarregados.
Para clientes anteriores ao 3.24 a flag -freeBSD não é suportada e terás que fazer o seguinte:
Depois de iniciares o cliente, espera até o download do núcleo estar concluído e depois termina/kill o trabalho
% brandelf -t Linux FahCore_65.exe
% ./FAHxConsole
E estás pronto! (Agradecimentos ao "gotti pela sugestão).
E no OpenBSD?
Trabalha quase tão facilmente como trabalha com o FreeBSDt
Segue os seguintes passos:
1. Instala /usr/ports/emulators/redhat/base atraves dos ports da versão 3.4 ou posterior.
Se tens uma versão anterior, ou apenas preferes instalar por pacotes, instala o redhat_base-8.0p2. 2.
Configura um script que redireccione e se marque a si próprio “call to elf2olf”,de modo a que o núcleo dos binários possa ser marcado correctamente. Este script pode ser descarregado de:
http://www.schnarff.com/brandelf, ou simplesmente criando o teu próprio:
1. !/bin/sh
elf2olf -v -o linux $3
Certifica-te que utilizas a versão B da consola para linux uma vez que com a versõa A pode ocorrer
coredump.
O que é a instabilidade de/na simulação?
A simulação do movimento de uma molécula envolve um grande esforço de computação. Cada simulação corresponde a um numero de passos no tempo (cada um bastante pequeno). A cada passo, a posição dos vários átomos é calculada e actualizada, baseada no numero de factores. De vez em quando, a simulação entra num estado que não é legal/recomendado/correcto (exemplo: átomos ficam bastante próximos, os “laços” estão em ângulos impossíveis de criar, entre outros).
Em situações como estas, o núcleo sai, e a informação é enviada para o servidor. O cliente FAH é depois assignado outro trabalho. Se o teu computador é estável, então não há problema. Em computadores instáveis, é possível que a instabilidade da simulação seja criada pelo próprio sistema em vez de estar directamente relacionada com a WU/Unidade de trabalho. Por causa disto, uma WU/Unidade de Trabalho pode ser enviada outra vez devidoa ter sido devolvida incorrectamente devido á instabilidade criada durante a simulação.
Em determinados projectos esperamos sempre que uma pequena percentagem das unidades encontrem/tenham problemas de instabilidade
E se eu desligar o computador? O cliente guarda o trabalho realizado (i.e.checkpoint)?
Periodicamente/Frequentemente o núcleo escreve informação para o teu disco rígido, deste modo se parares o cliente do FAH, podes mais tarde retomar o processamento da WU do mesmo ponto donde terminas-te em vez de começares tudo de novo.
Com o núcleo Gromacs , estes checkpoints podem ocorrer a qualquer momento e não estão directamente relacionados com a informação guardada e os resultados. Inicialmente, foi definido para ocorrer a cada 1% da WU (frame a frame), e a partir dai de 15 em 15 minutos era criado um checkpoint, para que maquinas mais lentas, nunca perdessem mais do que 15minutos de trabalho.
As proteínas começam a ser mais complexas e a correr/a ser processadas durante mais tempo, pelo que é melhor ter mais frames numa WU, para que não percas muita informação sempre que tiveres que reiniciar o programa ou o computador.
Mesmo assim este processo não leva em consideração a velocidade da maquina. Uma maquina rápida termina uma frame em apenas alguns minutos, enquanto que uma lenta pode demorar horas, e o membro do Folding@home com a maquina lenta, não quer perder 99% das “horas” que levou a processar aquela meia dúzia de frames, contudo o utilizador com a maquina mais rápida não quer perder tempo de processamento, que é gasto aquando a escrita destes checkpoints a cada 15 minutos do disco, e nenhum deles quer ter um valor de upload associado com resultados que tenham muitas frames pois iria consumir muito upload.
Obriago ao Bruce Borden por esta entrada na FAQ.
Estatísticas, Equipas, Usernames/ Nomes de utilizadores
Como posso mudar o meu username (nome do utilizador)?
A maneira mais simples de mudar o nome de utilizador é ir ao painel (clicar com o botão direito do rato no ícone gráfico na área de notificação no canto inferior direito do ambiente de trabalho). Pode mudar o nome do utilizador em qualquer altura. Entretanto, as unidades antigas (enviadas até então) do trabalho remanescerão creditadas ao utilizador anterior.
Como posso juntar-me ao projecto/criar uma equipa?
Para criar uma equipa, preencha por favor
este formulário. Para se juntar a uma equipa, basta colocar o número da equipa no painel de configuração (em clientes gráficos) ou incorporar o número da equipe na primeira vez que instalar o cliente (para a consola de texto).
Estou a usar várias maquinas por detrás de uma firewall. Podem ter todas o mesmo Username/nome de utilizador?
Sim. Podem todos ter o mesmo nome. No passado, era necessário adicionar # 1, # 2, etc. aos nomes de utilizador. Isto já não é necessário actualmente.
Existem alguns caracteres que deva evitar usar no username/nome de utilizador?
Nós recomendamos fortemente a usarem apenas letras, números e o underscore"_". Não use espaços no seu nome de utilizador, use por favor algum caracter como o "_". Actualmente reservamos os caractéres # ^ ~ |. # é usado para diferenciar uma firewall (ver acima). Queremos também reservar ^ | e ~ para outros problemas que possam surgir. Também não deixe espaços no seu nome de utilizador; por favor use algum caractér como "_". Finalmente, tenha atenção que os usernames são “case sensitive”, ou seja é sensível a letras maiúsculas e minúsculas "Dave" e "dave" e "dAVE" são todos utilizadores diferentes.
Como é que decidem quanto crédito é atribuído a cada WU/Unidade de trabalho?
Antes de lançar alguma unidade nova do trabalho, ela é testada num Pentium 4 a 2.8GHz, com as instruções SSE 2 desligadas (mais especificamente, como reportadas por /proc/cpuinfo em linux: vendor_id : GenuineIntel, cpu family : 15, model : 2, model name : Intel(R) Pentium(R) 4 CPU 2.80GHz, stepping : 9, cpu MHz : 2806.438, cache size : 512 KB).
Estes computadores utilizam Linux como sistema operativo, assim sendo, todas as WUs são testadas com linux.
Nós colocamos o resultado disto na seguinte fórmula:
pontos = 110 * (diasPorWU)
onde o dias por WU é o número dos dias que o CPU onde a WU foi testada demorou a completar a unidade de trabalho.
Esta equação foi escolhida para igualar os pontos das unidades de trabalho com o core Gromacs antigas com o sistema de pontos antigo. WUs ao sistema precedente do ponto. O fundamento disto é para que as unidades de trabalho com o Core Tinker valham mais do que antes deste novo sistema de pontos (isto é, antes de Abril 2004). Atenção que o conceito muito de uma máquina de referência significará em que algumas WU o desempenho da sua máquina seja diferente.
Vejam que o próprio conceito de ter uma máquina de referência vai significar que algumas unidades de trabalho vão demorar tempos diferentes a serem processadas no seu computador. Mesmo entre os Pentium 4, há algumas diferenças significativas nas arquiteturas, alguns Pentium 4 são mais recentes que outros, e com algumas modificações, como maior Cache, o que influenciará o desempenho da máquina. Além disso, as variações entre unidades de trabalho podem também conduzir às diferenças em pontos.
O nosso objectivo é a consistência dentro de uma definição dada por uma instalação na máquina da referência (descrita acima). No entanto, como é de esperar, para além da natural variação de máquina para máquina e de unidade de trabalho para unidade de trabalho nunca será possível ter um sistema de atribuição de pontos que demonstre o processamento de cada computador individualmente.
Como é que decidem a deadline/prazo limite para as WU’s/Unidades e trabalho?
Cada unidade do trabalho é testada num Pentium 4 2.8GHz, com SSE 2 desligado. Para a maioria de unidades do trabalho (embora possa haver umas excepções, descritas no parágrafo seguinte), nós aplicamos a seguinte equação tempo para entrega = 20 x (dias por WU) + o fim do prazo 2 = o máximo (30 x (dias porWU) + 2,10) onde os dias por WU é o número dos dias que o processador de testes demorou a concluir a unidade de trabalho. O "+2" dias estão lá para dar uma margem adicional para WUs rápidas (a contar com o servidor em baixo, etc).
Se 30 x dias por WU for menos de 10 dias, os prazos são ajustados a 10 dias, como um tempo mínimo para todos os projectos. Após ultrapassado o tempo para entrega é o a WU e enviada a um outro cliente. Ocasionalmente, os fins do prazo podem ser ajustados para menos tempo ou para mais tempo. A razão para termos prazos de entrega é porque quanto mais cedo tivermos os resultados mais depressa podemos estudar esses dados.
Além disso, diferentes projectos têm requisitos diferentes por parte do servidor e podem necessitar de um tempos limites maiores ou menores. Os servidores têm em conta a performance dos computadores o que permite que computadores mais fracos recebam unidades de trabalho apropriadas.
Como é que consigo uma cópia de todo o estado actual?
Você pode descarregar uma cópia daqui: http://fah-web.stanford.edu/daily_user_summary.txt ou http://fah-web.stanford.edu/daily_team_summary.txt Estas listas são actualizadas a cada 6 horas. Por favor não corra nenhum crawler nas nossas páginas cgi. Tais acções resultarão em que o seu IP fique banido permanentemente
Geral
O que é que as imagens de proteínas mostram?
Nós usamos várias representações para mostrar as proteínas que estão a ser processadas, incluindo all-atom, stick, e esquemas de representações de Richardson.
As cores são usadas para destacar partes especificas (mas que podem ser átomos específicos, tipos de átomos, ou características estruturais, dependendo do contexto).
Para saber mais a Wikipédia tem alguns artigos bastante interessantes sobre este assunto:
De onde veio o logótipo?
O nosso logótipo é uma representação abstracta do nosso objectivo: Ir da sequencia da estrutura da proteína codificada no genoma até a estrutura da proteína. A dupla hélice a esquerda do logótipo denota o genoma (ADN é uma dupla molécula helicoidal ) e as setas à direita são representações da estrutura da proteína (as estrutura da folha-beta são frequentemente desenhadas como tiras com setas).
Vocês têm botões de atalho que eu posso usar como ligações para o seu vosso sítio?
E que tal isto (agradecimentos a RPH IV)
Quanta potencia/dinheiro é necessária para manter um FAH a correr a 24/7 num computador?
Em termos gerais, um CPU usa tanta energia quanto uma lâmpada incandescente. Aqui esta um relatório na gestão de electricidade de computadores de Lawrence Berkeley Laboratórios do Governo, e há outras referências na Internet que você pode encontrar. Embora as maiorias das fontes de alimentação em maior parte dos computadores serem avaliadas em 400 watts, o normal é inferior. Em média, um computador do tipo Pentium usa aproximadamente 100 watts (se o monitor estiver desligado). Assim, normalmente a diferença entre estar desligado ou a correr o FAH é aproximadamente 24x100 = 2.4 kwh. a $0.15 por kwh. (de PG&E na Califórnia), isto resultara em aproximadamente $0.36 (0.34 €) por dia. De forma geral, a iluminação e o aquecimento usam uma maior parte da electricidade da casa do que os computadores. Assim a melhor forma de cortar nas despesas e conservar energia seria apagar as luzes, desligar o monitor do seu computador (que usa mais energia que uma CPU), e baixar o aquecimento.
E sobre a segurança?
Nós trabalhamos muito para manter a melhor segurança possível com metodologias modernas de informática. O nosso programa carregará e descarregará dados apenas do nosso servidor de dados em Stanford. Os núcleos também são digitalmente assinado (veja abaixo) para garantir que você está a receber os verdadeiros núcleos de Stanford e nada mais.
Como é isto possível? Nós tomamos fortes medidas para verificar todos os dados que entram no seu computador e os resultados que mandamos de volta para Stanford com assinaturas digitais de 2048 bit. Se as assinaturas não foram iguais (tanto na entrada como saída) o cliente apagara os dados e começara novamente. Isto assegurado, pelas melhores medidas de segurança de software desenvolvidas até hoje (assinaturas digitais e PKI versão 3.0), nós estamos a manter a segurança o mais apertado possível. Finalmente, a protecção de ecrã do cliente está disponível para descarreguar apenas deste local de Internet, de forma que a nós possamos garantir a integridade do programa. Nós não apoiamos programas do Folding@home obtidos noutro lugar e proibimos outros de distribuir o programa.
Porque não há versões para IRIX, Solaris, OS-2, AMIGA, Macintosh OS9, etc?
Nós fomos inundados com pedidos para outras versões. Devido a recursos limitados, nos podemos apenas apoiar algumas versões do cliente. Nós tentamos escolher sistemas operativos que são abundantes entre os doadores e que nós podemos apoiar adequadamente em casa. Nós apoiamos BSD via emulação de camada de Linux (ver em cima).
O que vão fazer nas versões futuras do software?
Um bom lugar para ouvir falar de novas versões, versões beta, etc., é o
Folding-Community forum.
Protector de Ecrã/Screen Saver (Windows: versão 4 e anterior; OSX: todas as versões) (a traduzir)
Devo correr a versão screensaver/protector de ecrã ou consola?
A versão gráfica da consola mostra a mesma informação que a versão de screensaver /protector de ecrã. É recomendada quando:
* Queres correr o Folding@home 24/7.
* Não queres um screensaver
* Gostares de ver exactamente o que está a ser processado (molécula).
A versão de screensaver é recomendada quando:
* Não queres correr o Folding@home 24/7 apenas quando não estiver no computador.
Se mesmo assim não tens a certeza, experimenta as duas!
O que é que está o protector de ecrã/screensaver a mostrar?
O nosso cliente gráfico mostra uma visualização em tempo real da operação a ser executada no momento.
A molécula desenhada é a configuração atómica actual(“fold”) da proteína que está a ser simulada no teu computador e o gráfico no fundo, mostra a potencial energia em incremento
femtoseconds.
Nós disponibilizados as proteínas para serem visualizadas numa variedade de estilos e orientações, ambos para obter um melhor aspecto á proteína que se encontra a ser “foldada” ou enrolada, assim como simples
aesthetics.
Existem neste momento dois modos de visualização:
Space-filling e
Ball-and-stick.No modo ball-and-stick, cada pequena bola representa um atomo, e os sticks representao os “laços” entre os atomos.No modo space-filling caa esfera preenchida representa o volume aproximado que o electrão ocupa a volta de cada átomo. Em ambos os modos, os átomos de carbono são desenhados a cinzento (ainda que alguns atomos de hidrogenio nao apareçam), o oxigenio aparece a vermelho, nitrogenio a azul e sulfur aparece a amarelo.
O meu monitor está programado/configurado para desligar após algum tempo posso ainda assim correr a versão screensaver/protector de ecrã?
Definições de poupança de energia, que desligam o monitor apos um determinado período de tempo, não afecta o cliente FAH screensaver.
Deste que tenha o computador ligado o screensaver vai continuar a correr e a processar dados, mesmo que o monitor esteja desligado.
A versão screensaver/protector de ecrã usa muito tempo de processador/usa bastante o processador?
A versão de screensaver está criada de modo a usar pouco o CPU, mesmo sem Hardware compatível com OpenGL, o screensaver apenas usa 5% do processamento de CPU para os gráficos.
Se tem algum hardware compatível com OpenGL o processamento por parte do CPU é virtualmente zero. Uma vez que o espaço preenchido (“orb”) pelo desenho dos átomos pode ser visto durante o processo de criação do mesmo, pode dar a impressão que esta a utilizar bastante o processador, mas o tempo de espera é colocado/definido por um temporizador, e não ocorre essa sobrecarga porque demora sempre algum tempo a carregar/desenhar (“orb”)
Será que se usar mais hardware de cálculo 3D a versão screensaver/protector de ecrã corre melhor?
As placas de aceleração 3D podem fazer diferença em proteínas mais complexas.
Como é que desligo o screensaver/Protector de ecrã?
O screensaver foi criado de modo a desligar-se com um clique do rato ou premindo uma tecla. Não se desliga se apenas movendo o rato. Isto serve para prevenir que os utilizadores inadvertidamente fechem o Folding@home, uma vez que irá demorar um bocado até recomeçar o processamento.
*10:49 Update!* Projecto de tradução concluído, peço a atenção a quem queira ajudar o facto de as palavras a
amarelo e negrito ainda precisarem de tradução, apagados updates anteriores de modo a este topico fica mais limpo