Não sei exactamente quais os termos correctos em SQLServer ou MySQL, mas em Oracle (que é o que normalmente uso) penso que não consegues correr um sql nas 2 instâncias em simultâneo.
Tambem trabalho com Oracle, e sim em Oracle podes correr uma query que faz uma consulta a uma tabela numa maquina em portugal e na mesma query a outra tabela numa maquina no Japão.
Cumprimentos.