Boas
Na minha opinião deves começar por analisar qual o objectivo e público-alvo do teu site. Começar por dizer, vou fazer em flash porque posso ter umas animações porreiras e tal, é muito vago.
Percebo que gostes de flash, alias também adoro o flash e desenvolver sites em flash é praticamente o meu dia-a-dia e devo dizer-te que todos os dias aprendo qualquer coisa nova. Mas nunca podes fazer a analise dessa forma, mesmo sendo para um trabalho académico vais ter de justificar o porquê da tua opção por flash, penso eu. O que quero dizer é que deves ter em conta o público-alvo e os objectivos do site.
Respondendo a algumas das tuas questões, sim, por norma tudo o que vês nos sites em flash é criado de raíz. Como para tudo existem templates, mas não há nada que chegue aos calcanhares de uma layout idealizado, pensado e concebido de uma forma personalizada para um determinado objectivo/público-alvo. Se é para trabalho académico de certeza que o professor não vai achar grande piada se usares um template, digo eu.
Para fazer qualquer coisa em flash é utilizado o software Adobe Flash, aconselho a versão 8 e 9, que são as últimas. Contudo se não tens mesmo experiência nenhuma não te aconselho a aventurares-te por um site completamente em flash, a menos que tenhas bastante tempo para dedicares à aprendizagem. Para se entrar na mecânica do flash ao inicio não é fácil e conheco muita gente que começou mas acabou por desistir porque não teve paciência para aquilo. Não quero com isto dizer que seja uma coisa de outro mundo, mas não deixa de ter um nível de dificuldade elevado, especialmente se vais logo começar por um site todo em flash.
Depois há ainda outra grande questão, que na minha opinião é a chave do conceito do flash. Para produzires algo que seja visualmente agradavel e interactivamente interessante tens de ter já alguma bagagem ao nível de design, tipografia, animação e usabilidade web.
Em suma, o meu conselho é não ires por aí logo para começar. Faz um site usando o frontpage, tenta criar uns banners e umas animações em flash para integrares no teu site. Se depois gostares daquilo que consegues produzir no flash, tenta evoluir gradualmente para coisas mais complexas, explorar e aprofundar conhecimentos e técnicas.
Enfim, just my 50 cents
Se tiveres dúvidas em alguma coisa posta que caso eu te possa ajudar terei todo o gosto em o fazer.
Desculpem o testamento,
Cumps
EDIT: Na minha opinião para começar a aprender qualquer software, incluindo flash, não existe nada melhor que a plataforma de ensino à distância
www.lynda.com. Tem imensos videos com cursos inteiros dos softwares, quer para quem começa, quer para quem já está mais avançado. Foi assim que eu aprendi flash, através desta plataforma...desvantagem, tem de se pagar para ter acesso. As coisas boas têm o seu preço. Boa Sorte