provavelmente guardaste o video final num formato sem compressão, o que geralmente resulta em tamanhos enormes.
tens ai uma breve explicaçãp à introduçao de codecs
http://netforbeginners.about.com/od/multimedia/f/codec.htm
no que toca a escolher qual o codec correcto para os teus videos, tem muito que se lhe diga (e nota que codec nao é igual a AVI ou MOV... isso sao apenas extensoes) e o principal factor na hora da escolha, e o fim que vais dar ao video... se vai ser distribuido na net, ou em dvd or whatever...
Eu pessoalmente quando nao sei o fim exacto do filme, tendo a escolher o MP4 com o padrão H.264 visto que é um codec com um padrao bastante flexivel, e que se tá a tornar bastante popular, pois permite uma boa qualidade de imagem com um ficheiro relativamente leve no seu peso, para teres uma boa ideia da flexibilidade deste padrao, e que tanto é usado em distribuição na net, como Ipods, DVDs e até em IPTV com Alta Definição (como e o caso do meo).
Claro que há outros codecs com funções mais especificas especialmente no que toca a distribuição na net, como é exemplo os videos em .FLV usando o Flash encode (Youtube e afins..)