Deves atribuir identificadores unicos aos componentes de forma a não colidirem. Na passagem de esquemático a PCB , faz o Annotate de todos os componentes.
Não sei como fizeste o esquemático mas cria sempre um projecto de inicio adiciona depois um esquematico e um PCB. Quando quiseres ver o esquematico na PCB ve se os componentes tem todos um indentificador unico, se não tiverem ou adicionas manulamente ou então vais há opção annotate onde é feito automaticamente. Depois é só faze update do esquematico para a PCB.