Para discutir sobre "Flash" é preciso distinguir se falamos do IDE, do Flash Player ou da framework Flash.
Sobre o IDE, é meio confuso realmente. E o facto de não dar um suporte decente à edição de código é incompreensível. O painel Actions parece piada num produto de luxo. Mas o Flash Develop anda aí para preencher essa lacuna do IDE da Adobe, e muito bem.
A historia de que um site em flash é dificil de manter já não é verdade. Se o projecto for bem montado e se tirar proveito da OOP, até pode ser muito fácil. É muito fácil encontrar seja o que fôr quando tudo está bem organizadinho em packages e classes com nomes bem descritivos.
Se convertermos os frames em codigo então, excusamos de percorrer uma timeline que parece dar a volta ao mundo para mudar apenas o valor de uma variavel.
Sobre a navegabilidade, as falhas normalmente resultam da negligência do desenvolvedor, porque o Actionscript já comunica muito bem com o browser. Portanto, se o Back Button ou o Tab não funcionam, é porque faltam umas linhas de código. Mas isso também pode acontece com as frameworks de javascript. É verdade, também é possível ao Actionscript comunicar com Javascript. E integrar Xml, e Css's, comunicar com o servidor, etç, etç, etç.
Actionscript ou Javascript? Vai tudo dar ao mesmo... If (bla = = bla) {bla bla bla ;} else {bla bla bla bla;}