Podes copiar um ficheiro grande que ai tenhas para a pen usando o comando cp e colocando antes o comando time, depois é só fazer o tamanho do ficheiro / tempo que demorou para teres uma ideia da velocidade.
Exemplo:
Código:
time cp NomeDoFicheiro /localização/da/pen/
Edit:
Para teres uma base para comparação, num cartão MMC no leitor de cartões do meu portátil consegui aproximadamente 16.78 MiB/Segundo.