Tenta encontrar o ficheiro de preferências ".plist" desse programa, provavelmente será com.unsanity.cleardock.plist, procura na library>preferences (ou então spotlight)... move esse ficheiro para o teu desktop, reinicia o programa clear dock, faz um test-drive e se estiver tudo bem deita ao lixo o ficheiro que tens no desktop...
edit: Terás que reconfigurar novamente o programa...