Cliente SMP com Live CD - HowTo

eagle

I folded Myself
Nota prévia para utilizadores Windows:
Como postado aqui pelo Metro, existe um tutorial nesta página (em inglês) para a instalação do VMWare Server em Windows. Isto pode dar jeito para os casos em que é necessário manter-se em Windows, mas ao mesmo tempo poder usar a virtualização para correr o cliente SMP em Linux (dentro da máquina virtual, que aproveita dual cores). Assim já é possível fazer uso deste cliente enquanto não chega o cliente SMP para Windows.


Versão simplificada.

1- Fazer download do Live CD do Kubuntu 6.10 aqui (700MB).

2- Fazer download do cliente FAH aqui. Descomprimir para uma pen (fica o ficheiro fah5 e o ficheiro mpiexec).

3- Arrancar a máquina com o CD acima. O screen de arranque do CD é o seguinte:

1.gif


Escolher o teclado em português carregando em F3. Escolher a 1ª opção de arranque (Start ou install Kubuntu)

4- Depois de arrancar, o screen será o seguinte:

4.gif


(Nota: um dos icon's na barra em baixo, o que tem um mundo sobre o que parece ser uma roda dentada é um web browser)

Colocar a pen e escolher "Open" (para o linux montar a pen como uma directoria). Podem fechar em seguida a janela.

5- Abrir um terminal de texto (Em Start -> System -> Konsole Terminal Program)

17.gif


6- No terminal, correr o seguinte comando (seguido de Enter), para ir para a pen:

cd /media/usbdisk

7- No terminal, correr o seguinte comando (seguido de Enter), para instalar as libs de 32 bits (é necessário concordar com a instalação):

sudo apt-get install ia32-libs

8- No terminal, correr o seguinte comando (seguido de Enter), para iniciar o cliente FAH:

./fah5

Na primeira vez, será necessário configurar o cliente. Podem se quiserem utilizar as mesmas opções do cliente consola em windows (-advmethods, etc). Escolham a opção "big WU's".


NOTAS:

- estes procedimentos têm de ser sempre efectuados após um reboot, dado que este método não instala nada em disco (apenas guarda o trabalho do FAH na pen)

- as actuais WU's têm um prazo de apenas 2 dias, pelo que devem fazer o download de novas WU's apenas quando prevêm acabar antes disso

- para instalação permanente, há vários how to's (incluindo um do Metro neste forum). Devem depois instalar as libs de 32 bits com o mesmo comando e correr o FAH a partir de outra directoria

- apenas para máquinas dual core (ou mais...)

- baseado no kubuntu 6.10. A versão 6.06, que eu saiba, já tem as libs de 32 bits instaladas, mas vi em alguns foruns que é mais lenta

- um overclock estável em windows (32 bit) não implica necessariamente um overclock estável em linux (64 bit). Se tiverem mais de uma WU a dar EUE (early unit end), experimentem baixar o overclock

- no meu pc não consigo fazer o shutdown, não averiguei ainda porquê. Dava-me muito jeito para automatizar a paragem da máquina após acabar uma WU... Se alguém souber porquê...
 
Última edição pelo moderador:
Ninguém me quer oferecer um DC pa eu testar isto? :lol:

Parece muito boa essa cena, e bom trabalho no tutorial eagle.

Para mim realmente, fica para um próxima.

Pocas
 
Bom tou a foldar a p3024_SMP-msv-2003 q dá 652.00 pontos com o meu X2 3800+@2340Mhz 1% demora 10min, por isso dá +/- 1200ppd o q num sistema como o meu acho brutal :D

Já agora como é q meto o raio do Fahmon a funcionar?
 
Última edição:
Como não vou estar a partir de amanha até dia 1 à noite decidi desligar os discos e meter o CD do Kubuntu e usar uma pen de 512MB que cá tinha. Resumindo, a instalação foi exactamente como está no tutorial.
Espero que como não mexo no PC ele não encrave.
 
tenho de testar isto durante a próxima semana.
vou estar fora 7 dias (fériassssssssss) e se bombar bem fica a correr com um belo ppd.. hehe

#edit#

convém ter mais de 1GB de ram?
 
Última edição:
Digam-me uma cena:

Isto só funciona mesmo em Dual Core, ou o rendimento em Single Core é que é inferior ao registado em Windows e por isso não vale a pena?

Pocas :kfold:
 
Yup é apenas para 2, 4 ou 8 cores, bom deixei a foldar durante a noite mais uma vez e aconteceu uma cena esquezita, o programa parou de foldar sozinho e disse q tinha sido eu q o tinha mandado parar, e eu tenho a certeza absoluta q ninguem lhe mexeu, sera um bug? Já aconteceu com mais alguem?
 
Ppl já viram os pontos q fizemos nas ultimas 24h?

grandenaboverde: tenta fazer os passos q o eagle disse n é por tares na consola q faz diferença para foldar, quem sabe talvez até seja mais rapido...

Mete a pen quando tás nesse sitio esperas um bocado para ser detectada e depois fazes:

cd /media/usbdisk

sudo apt-get install ia32-libs

./fah5 -forceasm -verbosity 9

N te esqueças q tens q ter os files do folding na root da pen.
 
O que fizemos nas últimas 24h é o que fizemos nas últimas 36h, pelo menos no EOC, visto que as stats estiveram em baixo...
Mas temos tido nos últimos dias um boost! Muito bom :x2::x2:
Já não via stats tão boas há uns quantos tempos :P

:kfold::kfold:
 
Mete a pen quando tás nesse sitio esperas um bocado para ser detectada e depois fazes:

cd /media/usbdisk

sudo apt-get install ia32-libs

./fah5 -forceasm -verbosity 9

N te esqueças q tens q ter os files do folding na root da pen.
mas eu já tinha tentado fazer isso.. ele não me detecta a pen.
devo ter de montar o device e não sei como é que isso se faz por linha de comandos.

help? :freak3:
 
please? :(

até dia 5 tenho de ter isto a bombar.
Bem, vamos ver se conseguimos fazer alguma coisa por ti... :)

Já experimentaste:

- arrancar em "safe graphics mode", pode ser que funcione

- verificar se o processo X está a correr (corre o comando ps -ef|grep X e vê se aparecem umas linhas do estilo usr/bin/X -br -nolisten. Se sim, carrega ao mesmo tempo Ctrl-Alt-F7 para ires para o modo gráfico

Se não der, podes sempre tentar montar a pen usb. Faz o seguinte:

1- Coloca a pen e espera um pouco

2- Corre o comando dmesg (é estilo um log do sistema). As últimas linhas devem ter em que device a pen ficou. No meu caso, aparece isto:

[ 7105.874585] Initializing USB Mass Storage driver...
[ 7105.874648] scsi4 : SCSI emulation for USB Mass Storage devices
[ 7105.874345] usb-storage: device found at 2
[ 7105.874693] usbcore: registered new driver usb-storage
[ 7105.874351] usb-storage: waiting for device to settle before scanning
[ 7105.874698] USB Mass Storage support registered.
[ 7110.875260] usb-storage: device scan complete
[ 7110.876150] Vendor: C-ONE Model: 256MB Tiny Rev: 1.00
[ 7110.876157] Type: Direct-Access ANSI SCSI revision: 02
[ 7110.878887] SCSI device sdb: 507904 512-byte hdwr sectors (260 MB)
[ 7110.880510] sdb: Write Protect is off
[ 7110.880512] sdb: Mode Sense: 03 00 00 00
[ 7110.880513] sdb: assuming drive cache: write through
[ 7110.885883] SCSI device sdb: 507904 512-byte hdwr sectors (260 MB)
[ 7110.887507] sdb: Write Protect is off
[ 7110.887509] sdb: Mode Sense: 03 00 00 00
[ 7110.887510] sdb: assuming drive cache: write through
[ 7110.887513] sdb: sdb1
[ 7110.889178] sd 4:0:0:0: Attached scsi removable disk sdb
[ 7110.889208] sd 4:0:0:0: Attached scsi generic sg1 type 0
[ 7114.499666] FAT: utf8 is not a recommended IO charset for FAT filesystems, filesystem will be case sensitive!


O importante está a amarelo (deve ficar em sda1, sdb1, sdc1, qq coisa do género). Corres de seguida o comando:

sudo mount /dev/sdb1 /media/usbdisk -t vfat -O rw,nosuid,nodev,quiet,shortname=mixed,uid=999,gid=999,umask=077,iocharset=utf8

Não sei se são necessárias tantas opções, é o que aparece quando é montada automaticamente. Substitui o sdb1 pelo que te aparecer no dmesg. Depois segue o resto dos passos.


PS: ao contrário do que possa parecer, não sou nenhum guru de linux, longe disso. Aprendi umas coisas nos tempos da faculdade. Mas o google é nosso amigo :)
 
Última edição:
Cheguei agora a casa e não me parece que a coisa esteja a correr bem com o envio das WUs. Alguém confirma?

--- Opening Log file [December 30 00:31:12]


# SMP Client ##################################################################
###############################################################################

Folding@Home Client Version 5.91beta

http://folding.stanford.edu

###############################################################################
###############################################################################

Launch directory: /media/usbdisk
Executable: ./fah5


[00:31:12] Configuring Folding@Home...


[00:31:57] - Ask before connecting: No
[00:31:57] - User name: Metro (Team 35271)
[00:31:57] - User ID not found locally
[00:31:57] + Requesting User ID from server
[00:31:57] - Machine ID: 1
[00:31:57]
[00:31:57] Work directory not found. Creating...
[00:31:57] Could not open work queue, generating new queue...
[00:31:57] - Preparing to get new work unit...
[00:31:57] + Attempting to get work packet
[00:31:57] - Connecting to assignment server
[00:31:58] - Successful: assigned to (171.64.65.63).
[00:31:58] + News From Folding@Home: Welcome to Folding@Home
[00:31:58] Loaded queue successfully.
[00:32:01] + Closed connections
[00:32:01]
[00:32:01] + Processing work unit
[00:32:01] Core required: FahCore_a1.exe
[00:32:01] Core not found.
[00:32:01] - Core is not present or corrupted.
[00:32:01] - Attempting to download new core...
[00:32:01] + Downloading new core: FahCore_a1.exe
[00:32:03] + 10240 bytes downloaded

...

[00:32:09] + 1489733 bytes downloaded
[00:32:09] Verifying core Core_a1.fah...
[00:32:09] Signature is VALID
[00:32:09]
[00:32:09] Trying to unzip core FahCore_a1.exe
[00:32:10] Decompressed FahCore_a1.exe (3624144 bytes) successfully
[00:32:10] + Core successfully engaged
[00:32:22]
[00:32:22] + Processing work unit
[00:32:22] Core required: FahCore_a1.exe
[00:32:22] Core found.
[00:32:22] Working on Unit 01 [December 30 00:32:22]
[00:32:22] + Working ...
[00:32:22]
[00:32:22] *------------------------------*
[00:32:22] Folding@Home Gromacs SMP Core
[00:32:22] Version 1.73 (November 27, 2006)
[00:32:22]
[00:32:22] Preparing to commence simulation
[00:32:22] - Ensuring status. Please wait.
[00:32:22] - Starting from initial work packet
[00:32:22]
[00:32:22] Project: 3026 (Run 4, Clone 27, Gen 10)
[00:32:22]
[00:32:23] Assembly optimizations on if available.
[00:32:23] Entering M.D.
[00:32:39] 9 percent)
[00:32:41] cket
[00:32:41]
[00:32:41] Project: 3026 (Run 4, Clone 27, Gen 10)
[00:32:41]
[00:32:41] 026 (Run 4, Clone 27, Gen 10)
[00:32:41]
[00:32:41] Entering M.D.
[00:32:48] mpleted 0 out of 5000000 steps (0 percent)
[00:32:48] a SSE boost OK.
[00:44:31] les
[00:44:31] Completed 50000 out of 5000000 steps (1 percent)
[00:56:10] Writing local files

...

[20:03:22] Completed 5000000 out of 5000000 steps (100 percent)
[20:03:22] Writing final coordinates.
[20:03:22] Past main M.D. loop
[20:03:22] Will end MPI now
[20:04:22]
[20:04:22] Finished Work Unit:
[20:04:22] - Reading up to 232536 from "work/wudata_01.arc": Read 232536
[20:04:22] - Reading up to 6859928 from "work/wudata_01.xtc": Read 6859928
[20:04:22] goefile size: 0
[20:04:22] logfile size: 129431
[20:04:22] Leaving Run
[20:04:24] - Writing 7361311 bytes of core data to disk...
[20:04:24] ... Done.
[20:07:21] - Shutting down core
[20:07:21]
[20:07:21] Folding@home Core Shutdown: FINISHED_UNIT
[20:07:46] CoreStatus = 12 (18)
[20:07:46] Client-core communications error: ERROR 0x12
[20:07:46] Deleting current work unit & continuing...
[20:12:09] - Preparing to get new work unit...
[20:12:09] + Attempting to get work packet
[20:12:09] - Connecting to assignment server
[20:12:10] - Successful: assigned to (171.64.65.63).
[20:12:10] + News From Folding@Home: Welcome to Folding@Home
[20:12:10] Loaded queue successfully.
[20:12:13] + Closed connections
[20:12:18]
[20:12:18] + Processing work unit
[20:12:18] Core required: FahCore_a1.exe
[20:12:18] Core found.
[20:12:18] Working on Unit 02 [December 30 20:12:18]
[20:12:18] + Working ...
[20:12:18]
[20:12:18] *------------------------------*
[20:12:18] Folding@Home Gromacs SMP Core
[20:12:18] Version 1.73 (November 27, 2006)
[20:12:18]
[20:12:18] Preparing to commence simulation
[20:12:18] - Ensuring status. Please wait.
[20:12:35] - Looking at optimizations...
[20:12:35] - Working with standard loops on this execution.
[20:12:35] - Previous termination of core w- Expanded 291327 -> 1508337 (decompressed 517.7 percent)
[20:12:35] 7 (decompressed 517.7 percent)
[20:12:35] 7 (decompressed 517.7 percent)
[20:12:35] - Starting from initial work packet
[20:12:35]
[20:12:35] Project: 3026 (Run 0, Clone 15, Gen 12)
[20:12:35]
[20:12:35] Entering M.D.
[20:12:41] xtra SSE botra SSE Writing local files
[20:12:41] Completed 0 out of 5000000 steps (0 percent)
[20:24:21] Writing local files
[20:24:21] Completed 50000 out of 5000000 steps (1 percent)
[20:36:00] Writing local files

...

[15:39:58] Completed 5000000 out of 5000000 steps (100 percent)
[15:39:58] Writing final coordinates.
[15:39:58] Past main M.D. loop
[15:39:58] Will end MPI now
[15:40:58]
[15:40:58] Finished Work Unit:
[15:40:58] - Reading up to 232536 from "work/wudata_02.arc": Read 232536
[15:40:58] - Reading up to 6861152 from "work/wudata_02.xtc": Read 6861152
[15:40:58] goefile size: 0
[15:40:58] logfile size: 129431
[15:40:58] Leaving Run
[15:41:02] - Writing 7362535 bytes of core data to disk...
[15:41:02] ... Done.
[15:43:53] - Shutting down core
[15:43:53]
[15:43:53] Folding@home Core Shutdown: FINISHED_UNIT
[15:44:25] CoreStatus = 12 (18)
[15:44:25] Client-core communications error: ERROR 0x12
[15:44:25] Deleting current work unit & continuing...
[15:48:49] - Preparing to get new work unit...
[15:48:49] + Attempting to get work packet
[15:48:49] - Connecting to assignment server
[15:48:50] - Successful: assigned to (171.64.65.63).
[15:48:50] + News From Folding@Home: Welcome to Folding@Home
[15:48:50] Loaded queue successfully.
[15:48:53] + Closed connections
[15:48:58]
[15:48:58] + Processing work unit
[15:48:58] Core required: FahCore_a1.exe
[15:48:58] Core found.
[15:48:58] Working on Unit 03 [December 31 15:48:58]
[15:48:58] + Working ...
[15:48:58]
[15:48:58] *------------------------------*
[15:48:58] Folding@Home Gromacs SMP Core
[15:48:58] Version 1.73 (November 27, 2006)
[15:48:58]
[15:48:58] Preparing to commence simulation
[15:48:58] - Ensuring status. Please wait.
[15:49:15] - Looking at optimizations...
[15:49:15] - Working with standard loops on this execution.
[15:49:15] - Previous termination of core w- Expanded 291781 -> 1508337 (d- Expanded 291781 -> 150833- St- Expanded 291781 -> 1508337 (decompressed 516.9 percent)
[15:49:15] ne 20, Gen 8)
[15:49:15]
[15:49:15] Entering M.D.
[15:49:17] packet
[15:49:18]
[15:49:18] Project: Entering M.D.
[15:49:18] lone 20, Gen 8)
[15:49:18]
[15:49:18] Entering M.D.
[15:49:24] Rejecting checkpoint
[15:49:24] oost OK.
[15:49:24] SMP-ensv-03Extra SSE boost OK.
[15:49:24]
[15:49:24] Extra SSE boost OK.
[15:49:24] Warning: long 1-4 interactions
[15:49:24] Writing local files
[15:49:24] Completed 0 out of 5000000 steps (0 percent)
[16:00:44] Writing local files
[16:00:44] Completed 50000 out of 5000000 steps (1 percent)
[16:12:05] Writing local files

...

[10:43:25] Completed 5000000 out of 5000000 steps (100 percent)
[10:43:25] Writing final coordinates.
[10:43:25] Past main M.D. loop
[10:43:25] Will end MPI now
[10:44:25]
[10:44:25] Finished Work Unit:
[10:44:25] - Reading up to 232536 from "work/wudata_03.arc": Read 232536
[10:44:25] - Reading up to 6860988 from "work/wudata_03.xtc": Read 6860988
[10:44:25] goefile size: 0
[10:44:25] logfile size: 116396
[10:44:25] Leaving Run
[10:44:28] - Writing 7342876 bytes of core data to disk...
[10:44:28] ... Done.
[10:47:37] - Shutting down core
[10:47:37]
[10:47:37] Folding@home Core Shutdown: FINISHED_UNIT
[10:47:50] CoreStatus = 12 (18)
[10:47:50] Client-core communications error: ERROR 0x12
[10:47:50] - Attempting to download new core...
[10:47:50] + Downloading new core: FahCore_a1.exe
[10:47:52] + 10240 bytes downloaded

...

[10:47:59] + 1489733 bytes downloaded
[10:47:59] Verifying core Core_a1.fah...
[10:47:59] Signature is VALID
[10:47:59]
[10:47:59] Trying to unzip core FahCore_a1.exe
[10:47:59] Decompressed FahCore_a1.exe (3624144 bytes) successfully
[10:47:59] + Core successfully engaged
[10:48:07] Deleting current work unit & continuing...
[10:52:35] - Preparing to get new work unit...
[10:52:35] + Attempting to get work packet
[10:52:35] - Connecting to assignment server
[10:52:36] - Successful: assigned to (171.64.65.63).
[10:52:36] + News From Folding@Home: Welcome to Folding@Home
[10:52:36] Loaded queue successfully.
[10:52:39] + Closed connections
[10:52:44]
[10:52:44] + Processing work unit
[10:52:44] Core required: FahCore_a1.exe
[10:52:44] Core found.
[10:52:44] Working on Unit 04 [January 1 10:52:44]
[10:52:44] + Working ...
[10:52:44]
[10:52:44] *------------------------------*
[10:52:44] Folding@Home Gromacs SMP Core
[10:52:44] Version 1.73 (November 27, 2006)
[10:52:44]
[10:52:44] Preparing to commence simulation
[10:52:44] - Ensuring status. Please wait.
[10:53:01] - Looking at optimizations...
[10:53:01] - Working with standard loops on this execution.
[10:53:01] - Previous termination of core w- Expanded 292102 -> 1507789 (decompressed 516.1 percent)
[10:53:01] 9 (d- Expanded 292102 -> 1507789 (decompressed 516.1 percent)
[10:53:01] - Starting from initial work packet
[10:53:01]
[10:53:01] Project: 3024 (Run 3, Clone 20, Gen 13)
[10:53:01]
[10:53:01] Entering M.D.
[10:53:09] cal files
[10:53:09] MP-ensv-03
[10:53:09] Protein: SMP-ensv-03
[10:53:09] Writing local files
[10:53:10] Extra SSE boost OK.
[10:53:10] Writing local files
[10:53:10] Completed 0 out of 5000000 steps (0 percent)
[11:04:09] Writing local files
[11:04:09] Completed 50000 out of 5000000 steps (1 percent)

...

[18:45:12] Writing local files
[18:45:12] Completed 2150000 out of 5000000 steps (43 percent)

Folding@Home Client Shutdown.[(quote]
 
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