Pode corrigir as permissões e depois sair da sua conta (logout, ou finalizar sessão) e voltar a entrar.
Aparentemente o sistema deixou de ter acesso ao ícone original e substituiu-o por um ícone padronizado (default) para settings (acerto de preferências). Já ao criar a nova conta voltou a encontrar ou a reposicionar o ícone original.
Se está tudo a funcionar ok, eu não me preocupava mais com isso (de qualquer modo não custa nada tentar corrigir as permissões). Se fosse um "grande problema" (que não deve ser), podia pensar em "emigrar" para a nova conta que acabou de criar.
Fora isto, eu não me metia a brincar com o sistema, ou seja, não fazia nada diferente do que disse.
Cumprimentos