Bem, Raines, presumo que tens duas slots IDE na Board e mais duas na placa Raid. Uma vez que a placa só lá tem um disco, mesmo que por default esteja configurada para trabalhar em Raid não o pode fazer. Se até agora não deu problemas é porque pelo menos um disco, suporta sem estar em Raid. É pois possível que, devidamente configurada, suporte mais do que um. Nesse caso, estarás a tratar a placa copmo uma mera expansão de IDEs.
Presumo também que, se precisas de usar a placa, é porque tens as slots da board ocupadas com outros dispositivos IDE, tipo, CD rom, gravador, drive zip, etc.
Deverás ter o disco de sistema na IDE primária como Master. Geralmente coloca-se os discos num cabo e o CD rom, dvd etc, no outro, mas isso não é muito importante.
Se estiveres a trabalhar por exemplo com um disco ATA 33 ou 66, numa board que suporte ATA 133 e tiveres um gravador ATA 133, faz mais sentido teres o gravador como Master na IDE secundária, e usares um cabo ATA 100/133 na IDE secundária, para tirares partido disso (se é que o buffer do gravador te permite tirar partido disso...).
De qualquer modo, importa saberes qual é a velocidade de transferência de dados da board, da placa Raid e dos dispositivos que tens, e saber se a placa Raid suporta, ou pode ser configurada para dois discos sem Raid. Em princípio, a velocidade na IDE da board será sempre superior, uma vez que o sinal não precisa de ir à PCI. Então será preferível, em princípio, teres por exemplo o gravador de cds na placa Raid e os dois discos nas IDEs da board. Embora haja discos que não são lá muito compatíveis uns com os outros (alguns Maxtor antigos eram esquisitinhos) em princípio não terás qualquer problema em ter ambos no mesmo cabo, tendo o de sistema como Master, ou ambos como master nas IDEs da board, e os restantes, CD rom, dvd etc, como slaves na board, ou masters, na placa Raid. Uma vez que é sempre possível que acabe por ser necessário começar a instalar programas num disco inicialmente pensado para armazenamento, eu colocaria ambos os discos como masters nas IDEs da motherboard, e o que sobrasse de mais lento deixaria para a placa Raid.
Outra coisa, se pretendes guardar muitos ficheiros pequenos nesse novo disco, talvez seja bom particioná-lo já, visto que mais tarde será mais complicado, e assim estarás a optimizar esse disco (a menos que ele seja muito pequeno).
Ah! E se estiveres a usar cabos ATA 100/133, não te esqueças que a parte azul é para a board (se não, quem não vai ser detectado é o master).