A questão levantada pelo
@kronozord é um não problema, e passo a explicar o porquê.
Desde o lançamento do Windows 10 que é possível instalar as Apps através de SideLoad. Tal como com os *.exe e *.msi, basta ter o pacote da App e instalar o mesmo naturalmente (de uma forma bem mais imediata e fácil que os típicos "Next", "Next", "Next", "Finnish").
Nada nem ninguém (nem a Microsoft) impede qualquer um de disponibilizar para Download um *.appx de uma qualquer App que qualquer um pode instalar (quer no W10, quer no W10M, quer no W10 iOT - Xbox ainda não tem maneira de fazer SideLoad, nem sei se terá). O PoGo (adaptação do Pokemon Go) era disponibilizada deste modo.
Aliás, li algures (não sei onde) que já estava previsto a Steam ter alguns jogos no formato UWP.
Honestamente não estou a ver nenhuma desvantagem clara em usar a Store e as UWPs. As aplicações ficam todas centralizadas num único ponto, o "restauro" das aplicações de um sistema após uma formatação é mais imediato poupando muito tempo ao utilizador, as UWPs não criam o lixo (registo do Windows e várias pastas) que as aplicações tradicionais, os Updates das mesmas passam a ser geridos de forma autónoma e num ponto central, o facto de serem UWPs torna-as acessíveis quer no PC/Tablet ou Smartphone (mesmo que não estejam inicialmente disponíveis para essas plataformas, a sua adaptação é rápida), etc.
Mesmo que uma qualquer App esteja mais ou menos escondida na Store (propositadamente ou não), está bem mais acessível a qualquer pessoa que perdida num qualquer URL na Internet.