Epá, não tem nada que saber.
Se o sistema de ficheiros é NTFS, o "desfragmentador" do windows serve perfeitamente.
Desfragmenta quando ele assim o determinar...
se desfragmentar o disco, é pôr as partes dos ficheiros "junta" de forma a que a sua leitura/execuçao seja mais celere, nao vejo em que medida desfragmentar o disco faça mal, até pelo contrario.