Eu costumo usar o defrag do vista, visto que ele até se comporta acima da média em termos de desfraguementação. O tempo que ele demora é para nos dar a possíbilidade de podermos continuar o nosso trabalho sem darmos conta que ele está a desfraguementar, por isso é que ele demora muito mais! Se tens mais do que um HD, ele vai também desfraguementá-los e por "segurança" também instala um boot de backup em um deles (vista=segurança). O único problema é que não visualizamos absolutamente nada do que ele está a fazer!
Se por acaso quiseres ter uma alternativa, em que faça minimamente o mesmo trabalho e te dê a escolher quais os discos a desfraguementar e visualizar, tens, por ex. o Power Defragmenter.