Não sei se é isto que pretendes, mas de qualquer maneira aqui vai
1-Selecionas aquilo que pretendes tornar transparente;
2-Botão direito do rato e convertes para um "Graphic";
3-Nas propriadades do "Graphic" agora criado, na ComboBox "Color", escolhes Alpha;
4-Vai aparecer ao lado direito da ComboBox "Color" uma nova ComboBox sem Label, apenas com uma percentagem;
5-Nessa ComboBox da percentagem defines a transferência pretendida do teu Graphic.
Espero ter ajudado...senão era isto que querias, explica melhor o caso, pois dou uns toques no Flash
Cumprimentos.
EDIT: Já percebi melhor o que pretendes, lol (ler com pressa é nisto que dá).
Para fazeres isso, tens que editar o HTML e fazeres algo deste género onde carregas o swf:
<object classid="clsid
27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="
http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="780" height="291">
<param name="movie" value="Site.swf">
<param name="quality" value="high">
<embed src=
"seuswf.swf" quality="high" [span style=\'color:red\']
wmode= "transparent" [/span]pluginspage="
http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="780" height="291"></embed>
Espero desta vez ter realmente ajudado, lol.