Se bem percebi o disco de 1.5TB é externo, certo? E o SO não está nele, suponho.
Em todo o caso, o windows apenas "verifica" os seus ficheiros de sistema e serviços, o registry e os programas de arranque, normalmente não faz nenhum exame a nenhuma drive inteira, seja ela qual for (a não ser que tenha detectado um problema com o sistema de ficheiros ou que tenhas agendado um exame à drive aquando do arranque do sistema).
Tenho um sistema com 4 HD's lá dentro, 2 delas particionadas e muitas vezes ainda com uma drive externa. Portanto, chego a ter, no arranque do windows, 7 partições diferentes, e o tempo de arranque é praticamente igual ao que seria se tivesse apenas o disco de sistema...
tens de dar mais pormenores.
Não sei se tens o ficheiro boot.ini visivel na raiz do disco de sistema, por isso indico o processo inteiro:
Começas por ir às propriedades de sistema:
Com um click do botao direito do rato em cima do "Meu Computador" escolhes "Propriedades". Escolhes o tab "Avançadas" e em "Arranque e recuperação" clicas no botão "Definições"
Na nova jenela que se abre, tens no topo "Arranque do sistema" e clicas no botão "editar"
Isto vai-te abrir o tal ficheiro boot.ini
Aqui deves ter, na ultima linha, algo como
"multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS= "Microsoft Windows XP Professional" /noexecute=optin /fastdetect"
salvaguardando as diferenças de nome de SO, partições, etc.
basta pores "/SOS" sem aspas no fim desta linha para teres um arranque de windows sem a tal barra a passar.
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS= "Microsoft Windows XP Professional" /noexecute=optin /fastdetect /sos
Ficas entao com um ecran onde ves todos os controladores que o windows está a carregar, e podes assim ver em qual deles o windows fica encravado.
Assim podemos despistar melhor o teu problema.
P.S. para reverter e voltares a ter o ecran do Windows com a barra, basta apagar o /SOS
