não há limitações nenhumas em termos de sistema de ficheiros, podes ter os dois discos sem qualquer problema.
aproveitando o topico para nao abrir um novo, tenho aqui mm disco Deskstar de 60gb IDE, que e' identificado no boot, mas nao e' identificado pelo windows. ja o tentei formatar mas da erro na formatação, tanto pelo windows que diz que a formatação não pode ser concluida, como pelo cd do do windows que quando escolho a formatação volta ao boot :S
provavelmente disco na sucata, não?
qual é a marca do disco?
Acho que os Deskstar são da Hitachi