QuickTime + Perian é uma boa solução.
Para MKV's não gosto do QT porque para ficar a correr bem, tem que fazer primeiro o loading do filme, assim para esses costumo usar o Movist (parecido com o VLC, mas as legendas são muito melhores).
Outros filmes em que as legendas não estão sync, vai o VLC pela facilidade de ir mudando os tempos das legendas.