normalmente. como se fosses formatar uma partiçao windows. Tem em atençao que se formatares a partiçao do ubuntu e nao lhe instalares outra distro no imediato, nao vais csg fazer boot ao windows, porque apagaras o grub. (isto so acontece se o grub estiver instalado na partiçao / ). Se mesmo assim o quiseres fazer, dp colocas um cd windows e reparas o arranque do windows.
Se formatares e instalares outra distro, em principio nao havera nenhum problema, ja que a nova distro vai re-escrever o grub.