naturalmente que é mais vantajoso usar sempre o sistema operativo no disco interno que numa pen, visto que estás sugeito á velocidade da porta, e ao tempo de resposta leitura\escrtita da pen...
há quem só use linux, há quem opte por ter windows e linux em dualboot com 3 partições uma para cada sistema operativo e uma 3ª em comum entre ambos...
pessoalmente gosto mais de usar qualquer sistema operativo sempre em disco interno...