Da minha parte, a utilização de partições vem do hábito do Windows...
Basicamente, usava o a partição primária para instalação de programas e manuseamento dos ficheiros diários ... depois usava uma partição secundária para fazer backups diários .... e semanalmente uso um disco externo para fazer os backups semanais ....
Ganhei este hábito/receio com o Windows uma vez que se formatar a partição primária, os ficheiros na partição secundária estão lá sempre .... e isso é um descanso, para a (frequente) eventualidade de ter problemas.....
Não sei se ajudou, mas foi esta a motivação que me levou (e leva) a usar partições...