Devido ao facto desses dois modelos serem alimentados com cabos PCIe directamente da fonte e a largura de banda não ficar, ainda, limitada com as actuais gráficas 4XXX e GTX2XX e mesmo correndo o risco de estar errado, diria que não há nenhum problema ou limitação se usas uma gráfica PCIe 2.0 numa MoBo PCIe x16.
PS: vais vender a tua 8800GTX?