Normalmente existe um minimal cd que quando vais para instalar a distribuição, escolhes todo o software que queres. Existe para Ubuntu, tenho quase a certeza que existe para Debian e mais não sei pois é basicamente isto que uso.
Em relação à alteração das imagens de boot, tens aqui como fazer isso e também criares a tua própria distro baseada em Ubuntu.
O que estás a tentar mencionar, é algo ao estilo nlite/vlite, ou RT7lite?
Se for, então recomendo que exprimente o SUSE studio, que é o metodo mais simples(o unico que imagino plausivel de usar por um iniciante)
Adicionar programas? Repositorio, pacotes com o binario, ou compilando.
Versão lite? Utilizar minimal install.