Já tive essa discussão, mas confesso que há um ponto que não estou a entender...
Se queres o titulo de Engenheiro Informático (que é 100% inutil, mas fica bonito no teu cartão de debito ou para quando ligares para algum local te identificares como "O Senhor Engenheiro", fora isso... não tem utilidade mais nenhuma). então vai para o ISEP... ou fica exactamente onde estás porque a Faculdade de Ciências também tem o curso de Engenharia em Redes e Sistemas de Informação, como é que estás na faculdade em si, no departamento de ambos os cursos (literalmente num edifício dedicado ao curso de Ciência de Computadores e Engenharia de Redes e Sistemas Informáticos que, já agora, são o mesmo curso nos primeiros dois anos) e não sabes disso?! Mas que impressão é essa que te dá que o curso não seja tão bom? A sério... o primeiro ano tem uma cadeira de Matemática Pura em que só passam 10% dos inscritos, esperavas começar com logo 4 cadeiras dedicadas à programação numa área que nasceu de Matemática Aplicada?
Licenciatura em Ciência de Computadores têm uma média baixa porque (felizmente) muitos do que querem ir para Informática nem se dão ao trabalho de sequer estudar a área para onde querem ir (o que realmente descreve a esmagadora maioria dos estudantes, lembro-me bem de um caso de uma conhecida que foi para Medicina Veterinária e desistiu a meio porque não sabia que parte das suas funções seria lidar com animais a morrer e /ou até provocar a sua morte... é como tirar o curso de Medicina e achar que só vai lidar com pessoas com constipações) e dai não escolherem o curso, logo diminuindo a sua média de entrada e respectivas candidaturas... enfim, mas se te chateia tanto podes sempre pedir transferência para o próximo ano, serias o primeiro que conheço a fazer tal, normalmente é ao contrário, alunos do ISEP a fugirem para a FCUP / FEUP / UM...