OSim, ams desde quando o Ubuntu corre EXE sem wine? Se corre desconhecia X_x
Isso deve ser daqueles virus que por vezes fazem download automatico,como nao usas wine,estas no linux logo isso não te afecta(ele esta la mas não consegue fazer nada pq é linux logo fica tipo como se nao estivesse ai),se fosse alguem com win ja tava cheio de bicharada......elimina isso e pronto.
Que programas estavas a usar?
Isso do explorer.exe é normal... Basta que utilizes um programa feito para windows e depois portado para linux baseado em wine... Por exemplo o picassa da google tem um espécie wine interno que faz com que rode em linux. Daí aparecer explorer.exe
Ver screenshoot:
http://img523.imageshack.us/my.php?image=picassafu6.png
Mistério Resolvido!