Antes de mais, verifica se por acaso tens erros a aparecer na consola de Javascript. A maior parte dos "erros" de Javascript com que podes dar pertence a uma de dua categorias:
1: Código mal escrito. O coder contou com o IE e mandou ás couves o facto de ser uma linguagem bem documentada.
2: Código bem escrito mas funcionalmente falho. O coder contou com o IE e alguam das suas "particularidades" que nem sempre são standard.
Se não houver erros, verifica se pro acaso não desligaste mesmo o JS, por norma através de uma extensão qqr.
Ainda recentemente dei com mais um site jeitoso com probs de DHTML. Um call para lá e vem o habitual "ah e tal, o site só funciona a 100% em IE...". Um look ao sourcecode e lá estava a rotina problemática dos menus DHTML, com erros obviamente. O problema é que era uma rotina sacada de um site qqr, logo, se não a sabiam escrever, muito menos a sabem arranjar. E nem tiraram os comments do autor que dizem explicitamente que para usar aquele code é preciso ter um link na página em si, nem meteram o dito link. Deve ser pq para a dita empresa lider em comunicações ficava mal admitir que tinham usado code nem sabem como funca. Mas no source tão lá os comments
