1) A possibilidade de hotkeys está previsto para o futuro mas não sei para que versão nem posso prometer nada mas vai fazer parte porque é algo importante para muita gente. No entanto, não vou adicionar hotkeys para opções especificas porque o tipo de opções que se encontram no menu não é suposto serem opções que estejas sempre a modificar e se calhar, arranja-se sempre maneira de fazer o que as pessoas pretendem de outra forma. Por exemplo, no teu caso, uma hotkey para mudar o always on top iria no fundo esconder/mostrar a janela e para isso, basta uma hotkey para fazer exactamente isso, mostrar/esconder o form. Bastava veres o FormToggleEffect = None ou então um qualquer mas com uma animação bué rápida.
2) Acredito que aches isso demasiado grande visto usares um EEE, essas coisas são mesmo minúsculas lol... Já pensei no futuro adicionar alguma possibilidade de skins (de forma simples) mas isso ainda dá trabalho. No entanto, talvez implemente algumas variações e as pessoas alternam entre elas. Por exemplo, duas versões, a normal (actual) e uma mais magra. É uma ideia, vou anotar.
3) Já viste que é possível chegar lá. Está tudo explicado no README.txt. No futuro irá existir o tal dialogo para se configurar tudo facilitando muita coisa mas para já não tive nem tempo para isso.
4) Concordo. Apesar de eu já estar habituado e no fundo o conceito é o mesmo em todo o lado. No Word, modificas um documento, ele não grava automaticamente, apesar de se crashar ele tem uma cópia e o FireNotes também faz cópias de tudo e alguma coisa (mas só nesta versão no caso de acontecer alguma coisa menos boa). Mas não precisas de te lembrar de gravar a nota, se tentares fazer alguma coisa que estrague as modificações da última nota modificada, serás automaticamente avisado. De qualquer forma, também tenho uma nota para implementar "automatic save", mas não o quero fazer às 3 pancadas, tenho de pensar bem como vai funcionar.
5) Dava mais jeito que explicasses melhor o erro lol, assim não consigo chegar lá. Mas algo me diz que é o erro que já foi denunciado varias vezes e será corrigido na próxima versão (assim espero). Está relacionado com o facto de não conseguir modificar o "settings.xml" porque diz estar em uso, correcto? Se for, será corrigido, se não, podes dizer melhor como é o erro porque desconheço.
6)
Achei esse teu problema um bocado confuso. Podes explicar melhor? De qualquer forma, eu testei essa parte várias vezes (mudar os efeitos e assim) e sempre funcionou, não percebo como não funciona contigo. Depois de colocares em "None" experimentaste clicar várias vezes no ícone a ver se ele aparecia? Esse "Blend" com 10 não deveria ser preciso, mas mesmo que não repares ele ainda tem um efeito muito rápido de "Blend" lol. Tentar por em "None" com o programa desligado e depois entra nele e vê se funciona. Mas devia funcionar com o programa aberto. Depois diz qualquer coisa...
EDIT: Esquece, tens razão, não está a funcionar direito. Será corrigido para a próxima versão.
Obrigado pelos testes que fizeste. Quando houver novidades numa nova versão irei colocar aqui, mas também podes escrever a RSS feed do meu blog