Se tiveres duas placas graficas ligadas a 2 monitores isso permite-te escolher qual delas arranca em primeiro lugar. Por default está PCI. Mesmo que tenhas uma placa gráfica PCI-E funciona correctamente.
Se só utilizares 1 monitor deixa estar como está.
Eu tenho em PCI-E por default.
EDIT:
Ou melhor... Se tiveres uma placa grafica PCI-E, escolhe PCI-E, se tiveres uma placa grafica PCI seleciona PCI. Isto afecta o boot speed do pc.