Boas,
Há efectivamente empresas que tratam de pagamentos, e que cobram sua devida percentagem para tornar o seu trabalho mais simples. Entre elas existem a worldpay, paypal, etc
Se quiser seguir por outro rumo, poderá pela via da SIBS (rede unicre) que tratará de lhe dar todos os detalhes sobre como colocar o serviço no seu site. Terá que pagar uma taxa anual e algumas regras a seguir sobre como colocar os logotipos e formas de pagamento no site.
Tenho muito má experiência em trabalhar com a SIBS e tudo leva-me a aconselha-lo a utilizar um dos sistemas "pré-fabricados" internacionais. Mas pronto, isto é um conselho pessoal. Haverá certamente outras opiniões. E claro, outras alternativas.