Uma cooler de CPU em condições, se tens o de origem Intel é normal que seja barulhento, um bom cooler além de ser bastante silencioso é muito mais eficiente.
Não sei que fonte de alimentação tens, mas se for daquelas genéricas também é normal seram mais barulhentas que as de "marca", uma LC Power de pouco mais de 40€ faz-te o serviço muito melhor e praticamente nem a ouves.
As ventoinhas que mencionas é um cooler do disco rígido ou são ventoinhas da caixa? Se for um cooler para o disco rígido tira isso fora, isso faz mais barulho do que ajuda a arrefecer, na maior parte das vezes é inútil e só acrescenta ruído.