Nunca usei esse IDE, mas existem IDE's em que é tão simples como drag and drop do ficheiro para dentro da estrutura de ficheiros do projecto.
Senão, dentro das propriedades do projecto deves ter um tab com o Java Build Path onde podes indicar sources, libs's e files. Mas é como te digo, nunca trabalhei com esse IDE, mas não deve ser assim tão diferente.