Simples simples e' uma query como a seguinte (poes o .csv no servidor junto com um PHP a ligar 'a BD e a executar esta query), supondo que não tens nenhum software de gestão mysql tipo phpMyAdmin/EMS/etc (se tivesses provavelmente não estavas a por a questão) e não se justifica instalar:
PHP:
LOAD DATA LOCAL INFILE 'ficheiro.csv' INTO TABLE 'nome_tabela' FIELDS TERMINATED BY ',' LINES TERMINATED BY '\n' (@x, campo1, campo2, campo3);
mudando o nome do ficheiro, nome da tabela e o nome dos campos aos quais atribuir os valores de cada coluna do .csv ( quando quiseres ignorar uma coluna qualquer do csv, em vez de atribuires a um campo atribuis a uma variavel que nunca vais usar -> @variavel )