fizeste o ajuste das correntes dos motores de passo correctamente (as pecas saem torta, falha de passos)?
Ou o problema é o filamento não sair constante (falta de material)? calibras-te o extruder?
O parafuso do extruder esta a puxar bem o filamento? quando iniciei, eu próprio construí o meu parafuso para puxar o filamento, nunca consegui um fluxo constante, só depois de ter comprado um em condições é que esse problema desapareceu.
Caso, tenhas verificado efectivamente com um multímetro que existem variações de tensão, e se usas uma fonte de alimentação de PC, existem algumas fontes que para ter uma regulação correcta nos 12V necessitam de uma carga nos 5V.