Em principio não deverás ter problemas, já enviei o meu Acer por duas vezes para a garantia (e todos sabemos como é a Acer) apenas com o Linux instalado e não houve problema, e o sistema veio com a instalação como estava, já um colega meu enviou o Acer dele, também com linux e veio formatado com Windows
Invalidar a garantia seria uma estupidez, para isso não seriam vendidos SO's separados, apenas teriamos as versões OEM, imagina que compraste um PC com XP e entretanto compraste o Vista, por essa lógica perderias também a garantia, é isto e a mania que algumas marcas têm não deixarem abrir a caixa dos desktops, se eu compro um PC ele passa a ser minha propriedade, tenho todo o direito de fazer o que quiser, alterar o SO, realizar upgrades de hardware e afins, claro que caso se prove que algum componente avariou por culpa minha fico sem garantia.
A Acer pode ter todos os defeitos, que os tem
, mas pelo menos não stressam com isso, cheguei a desmontar o meu portátil todo, porque lhe deixei cair água em cima, dei um banho de alcool à board, montei-o, sobraram parafusos, enviei-o para a garantia e não levantaram problemas, apesar de nesta situação até se compreender, se os tivessem levantado, mesmo que o problema não estivesse directamente relacionado com isto.