Na minha opinião, e quando programei em java forte e feio, o melhor IDE, sem duvida era o Jbuilder (versão 5 acho) Entreprise (foi a versão por mim experimentada) ..., mas tem um grande senão ..., é a pagantes ...
Se conseguires arranjar o JBuilder, de certo que não vais querer outra coisa ...., mas caso queiras puchar um freeware..., tenta o JDeveloper da oracle ..., tens que te registar no site deles e podes puchar à vontade (acho q não pode ser utilizado para fins comerciais), a versão que eu utilizava para mim era superior à actual, já que o IDE não corria sobre a JVM ..., agora acho que está melhor ..., mas é todo feito em java ..., por isso se tens uma máquina lenta ..., escolhe outro ....
Népia, nada disso, Together é o melhor IDE. Podes até fazer o UML das tuas classes que ele passa tudo pra codigo, esta extremamente completo, so tem um senao...é pesado
O Jdeveloper tb faz isso nesta ultima versão ...., mas por acaso tenho que experimentar esse Together ...
Para dar uns toques em UML, o Rational Rose é 5 estrelas e faz reverse engeneering de quase tudo, pena que custe 3000 cts ..., por isso só dá mesmo para brincar um bocado para aprender a versão "timeware" ...