Eu acho que não sabes bem o que keres. Para já alguem (e com isto kero dizer um humano) tem de escrever as legendas e sincroniza-las com as falas (deve ser uma estupada), traduzindo o que os actores dizem para a lingua pretendida... parece idiota, mas o que disseste fez-me pensar por momentos que kerias um programa capaz de fazer isto... Obviamente não existe! (existem programas de reconhecimento de voz, mas tão a anos-luz de fazerem algo deste tipo)
De resto existem programas como o subtitle studio (q eu uso) para servem para ajustar os timings das legendas, mas se o ficheiro de legenda escrito por kem legendou o filme (e que podes encontrar no google escrevendo "subtitles titulo do filme") estiver completamente desincronizado com o filme que tens em casa (por exemplo se se usam diferentes frames per second) entao é uma grande seca sincronizar, embora este programa dê toda a ajuda possivel (para um software).
Aconselho ainda que sakes o vobsub para carregar as legendas no Win Media Player. Ou entao faz como eu e usa o BSplayer que ja carrega subtitles por si só (e permite fazer alguns ajustes aos timings de sincronização on-the-fly!).