A entrada da placa de som não deve ser pré-amplificada, portanto tás com um bocado de azar, mas se ligares na entrada do microfone és capaz de teres sorte.
O ideal seria teres um mini amplificador (que pode ser sem colunas) para ligares o lineout do amp ao line in do computador. Ou então ligares um microfone e fazeres isso. Mas em qualquer dessas situações vais ficar com o som baixo, de má qualidade e provavelmente com delay...
Mas faz isso, liga à entrada rosa do microfone que é capaz de funcionar. Eu nunca tive esses probs pq além de tocar teclado em vez de guitarra tenho uma audigy com painel externo que tem entrada midi e line in amplificado de jack 6.5. Mas faz sentido que funcione no mic pq é amplificada.