MATE simplesmente por ser rápido, fácil de usar e não tem muita tralha por trás! Já usei Cinnamon e gostei muito, mas há ali qualquer coisa que não me faz conseguir usar aquilo muito tempo acabo por voltar para o MATE. No MATE tenho milhares de themes através do Gnome-look e assim e posso personalizar tudo como quero, também o podes fazer no Cinnamon mas parece-me mais limitado ainda nesse sentido. Em relação aos efeitos, bastar adicionar o Compiz e fica com mais efeitos (e muitos deles iguais) ao Cinnamon mas a gastar menos recursos.
Há um user aqui da Zwame que é developer do MATE (o nosso amigo Ketheriel) e de vez em quando ele vai dando novidades a cerca do projecto o que permite ter um pequeno olhar no que se irá tornar o MATE no futuro.