Eu já mudei alguns dos meus icones no menubar via aplicação no Show Package Contents > Contents > Resources. Basta encontrar o icone correspondente ao que está no menubar, fazer um backup (ex. menubaricon_backup.***) e criar um novo com o mesmo nome, as mesmas dimensões e a forma que queremos (cores, desenho, etc).
Atenção que tem mesmo que ter as mesmas dimensões e formato (.png, .jpeg, .jpg...). E não esquecer de fazer um backup para o caso da coisa correr mal.